plot_GrowthCurve(Luminescence)
plot_GrowthCurve()所属R语言包：Luminescence
Fit and plot a growth curve for luminescence data (Lx/Tx against dose)
安装并绘制发光数据的生长曲线（LX /发射对剂量）
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
A dose response curve for luminescence measurments using a regenerative protocol is produced.
发光之衡量使用的再生协议产生的剂量响应曲线。
用法----------Usage----------
plot_GrowthCurve(sample,main="Growth Curve",mtext="",
fit.method="EXP",
fit.weights=TRUE,
fit.includingRepeatedRegPoints=TRUE,
fit.NumberRegPoints,
fit.NumberRegPointsReal,
NumberIterations.MC=100,xlab="s",
output.plot=TRUE,output.plotExtended=TRUE,
cex.global=1)
参数----------Arguments----------
参数：sample
data.frame (required): data frame with colums for x=Dose,y=LxTx,z=LxTx.Error, y1=TnTx. The column for the test dose response is optional, but requires 'TnTx' as column name if used.
数据框（必需）：数据框colums为x =剂量，Y = LxTx，Z：= LxTx.Error，Y1 = TnTx。试验剂量响应列是可选的，但需要“TnTx”作为列名，如果使用。
参数：main
character (with default): header of the plot.
字符（默认）：头的图。
参数：mtext
character (optional): additional text on the right side of the plot.
字符（可选）：额外的文字在右边的图。
参数：fit.method
character (with default): functions used for fitting. Possible options are: LIN, EXP, EXP OR LIN,EXP+LIN or EXP+EXP </table>
字符（默认）：用于拟合的功能。可能的选项包括：LIN，EXP，EXP OR LIN，EXP+LIN或EXP+EXP</表>
参数：fit.weights
logical (with default): option wether the fitting is done with or without weights. See details.
逻辑（默认）：选项天气的配件是有或没有重量。查看详细信息。
参数：fit.includingRepeatedRegPoints
logical (with default): includes repeated points for fitting (TRUE/FALSE)
逻辑（默认）：包括重复点安装（TRUE / FALSE）
参数：fit.NumberRegPoints
integer (optional): set number of regeneration points manually. By default the number of all(!) regeneration points is grepped automatically.
整数（可选）：手动设置的再生点的数量。默认情况下，所有（！）再生点的数量grepped自动。
参数：fit.NumberRegPointsReal
integer (optional): if the number of regeneration points is provided manually the value of the real regenerations points = all points - repeated points - reg 0 have to be inserted.
整数（可选）：如果再生点的数量手动提供真正的再生点的价值点 - 重复点 - 章0插入。
参数：NumberIterations.MC
integer (with default): number of Monte Carlo simulation runs for the error estimation. See details.
整数（默认）：数字的Monte Carlo模拟运行的错误估计。查看详细信息。
参数：xlab
character (with default): unit for the x-axis labeling. Possible values are "Gy" and "s".
字符（用默认值）：单元，用于在x轴标签。可能的值是“戈瑞”和“s”的。
参数：output.plot
logical (with default): plot output (TRUE/FASLE).
逻辑（默认）：图的输出（TRUE / FASLE）。
参数：output.plotExtended
logical (with default): If TRUE 3-plots on one plot area are provided: (1) growth curve, (2) histogram from error Monte Carlo simulation and (3) a test dose response plot. If FALSE just the growth curve will be plotted. Requires: output.plot=TRUE
逻辑（默认）：如果TRUE3图上的一个绘图区，分别为：（1）生长曲线，直方图（2）错误的Monte Carlo模拟（3）试验的剂量反应曲线。如果FALSE只是将绘制生长曲线。要求：output.plot=TRUE
参数：cex.global
numeric (with default): global scale factor.
数值（默认）：全球范围内的因素。
Details
详细信息----------Details----------
fitting methods <br>
拟合的方法<BR>
For all options (except for the LIN and the EXP OR LIN) the nls function with the port algorithm is used.
对于所有选项（除了LIN和EXP OR LIN）port算法用于免入息审查贷款计划的运作。
LIN: fit a linear function to the data using lm:
LIN：适合的线性函数的数据使用流明：
EXP: try to fit a function of the form
EXP：尝试将一个函数的形式
Parameters b and c are approximated by a linear fit using lm.<br>
参数b和c是近似的线性拟合使用流明。<br>物理化学学报
EXP OR LIN: works for some cases where a EXP fit failes. If the EXP fit failes a LIN fit is done instead. <br>
EXP OR LIN：适用于某些情况下，一个EXP的适合的“失效。如果EXP合适的步骤均无法解决一个LIN合适的方法来进行。参考
EXP+LIN: try to fit a exponential plus linear function of the form:
EXP+LIN：尝试，以适应指数加线性函数的形式：
The De is calculated by iteration.
de是通过迭代计算。
Note: In the context of luminescence dating this function has no physical meaning. Therefore no D0 value is returned.<br>
注：在发光的背景下，约会这个函数有没有物理意义。因此，任何D0值返回。<BR>的
EXP+EXP: try to fit a double exponential function of the form
EXP+EXP：尝试，以适应双指数函数的形式
This fitting is highly robust against wrong start parameters and should be further improved.<br>
该拟合对错误的启动参数是非常强劲的，应进一步提高。<BR>
fit weighting (suggested by Michael Dietze and Margret Fuchs)<br>
适合比重由迈克尔·迪策和玛格丽特福克斯（建议）参考
If the option fit.weights=TRUE weights are calculated using provided signal errors (Lx/Tx error) using the equation:
如果该选项fit.weights=TRUE权重使用所提供的信号错误（LX /发送错误），用公式计算：
error estmation using Monte Carlo simulation<br>
错误15911-2000使用蒙特卡罗模拟参考
Error estimation is done using a Monte Carlo (MC) simulation approach. A set of input values is constructed by randomly drawing curve data from a normal distribution. The normal distribution is defined by the input values (mean=value, sd=value.error). Then a growth curve fit is tried for each dataset which results in new distribution of values. The sd of this distribution is the error of the De. With increasing iterations the error value is becoming more stable. Note: It may take some calculation time with increaing MC runs especially for the composed functions (EXP+LIN and EXP+EXP).
使用Monte Carlo（MC）模拟方法的误差估计。的一组输入值的构造通过随机绘制曲线数据从一个正常的分布。的正常分布的定义由输入值（平均=值，标准差= value.error）。生长曲线拟合试图为每个数据集，这将导致新的值分布。这个分布的sd是错误的De。随着迭代的误差值变得更稳定。注意：这可能需要一些计算时间与increaing MC运行特别是对由功能（EXP+LIN和EXP+EXP）的。
Every error estimation is done with the function of the chosen fitting method.
每个误差估计进行与所选择的嵌合方法的功能。
值----------Value----------
参数：list
a list containing the De (De, De Error, D01 value, D02 value and Fit type) and Fit object nls object for EXP, EXP+LIN and EXP+EXP. In case of a linear fit EXP OR LIN a lm object is returned.
一个列表，包含德（德，错误，D02，D01值的价值和FIT型），适用对象免入息审查贷款计划的对象为EXP，EXP+LIN和EXP+EXP。的线性拟合EXP OR LIN返回一个LM的对象。
参数：Plot
A plot of the growth curve. A histogram for the error calculation and a test dose response plot.
图的生长曲线。的错误计算和试验的剂量反应曲线的直方图。
注意----------Note----------
No D01 is returned for the fit functions EXP+LIN and LIN. A D02 value is provided for the function EXP+EXP only.
没有D01返回为拟合函数EXP+LIN和LIN。提供的功能EXP+EXP只有一个D02的值。
（作者）----------Author(s)----------
Sebastian Kreutzer, JLU Giessen (Germany), 2012
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
hist, plot, nls, lm
hist，plot，nls，lm
实例----------Examples----------
##(1) plot growth curve for a dummy data.set[＃（1）积生长曲线为一个虚拟data.set]
data(ExampleData.LxTxData)
plot_GrowthCurve(LxTxData)
##==================================================##[＃================================================= =＃＃]
##(2) plot the growth curve only[＃（2）绘制生长曲线]
##pdf(file="~/Desktop/Growth_Curve_Dummy.pdf",paper="special")[＃PDF（文件=“~/桌面/ Growth_Curve_Dummy.pdf的的”，纸=“特殊”）]
data(ExampleData.LxTxData)
plot_GrowthCurve(LxTxData)
##dev.off() [：＃dev.off（）]
##==================================================##[＃================================================= =＃＃]
##(3) plot growth curve with pdf output on desktop (path works for Mac)[＃（3）积生长曲线桌面上的PDF输出（适用于Mac的路径作品）]
##pdf(file="~/Desktop/Growth_Curve_Dummy.pdf",paper="special")[＃PDF（文件=“~/桌面/ Growth_Curve_Dummy.pdf的的”，纸=“特殊”）]
data(ExampleData.LxTxData)
plot_GrowthCurve(LxTxData)
##dev.off()[：＃dev.off（）]
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-9-22 19:32:59
