R语言 EMA包 runPCA()函数中文帮助文档(中英文对照)

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runPCA(EMA)
runPCA()所属R语言包：EMA

                                        Perform an Principal Component Analysis
                                         进行主成分分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function performs a Principal Component Analysis (PCA) and represents the samples or the variables of the analysis.
此功能进行主成分分析（PCA）的样品或变量的分析。


用法----------Usage----------


runPCA(X, ncp=5, scale=TRUE, ind.sup=NULL, quanti.sup=NULL,quali.sup=NULL,
sample.qual=TRUE, variable.qual=FALSE, sample.cont=TRUE,variable.cont=FALSE,
plotSample=TRUE, plotVariable=FALSE, plotInertia = TRUE,plotBiplot=FALSE,
plot3dSample=FALSE, lab.sample="quality", lab.var=NULL,palette="rainbow",
lim.cos2.sample=0, lim.cos2.var=0, pdf=FALSE, pdfname= NULL, verbose=FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：X
a data frame with n rows (samples) and p columns (variables)
与n行（样品）和p列（变量）的数据框


参数：ncp
number of dimensions kept in the results (by default 5)
的尺寸保持在结果中（默认情况下，5）


参数：scale
a boolean, if TRUE (value set by default) then data are scaled to unit variance
一个布尔值，如果为TRUE（值默认设置），然后数据被缩放到单位方差


参数：ind.sup
a vector indicating the indexes of the supplementary individuals
的矢量表示的索引的补充个体


参数：quanti.sup
a vector indicating the indexes of the quantitative supplementary variables
的定量补充变量的索引指示的矢量


参数：quali.sup
a vector indicating the indexes of the qualitative supplementary variables
一个向量表示的定性补充变量的索引


参数：sample.qual
a boolean, if TRUE quality sample is displayed, by default = TRUE
一个布尔值，如果是TRUE质量抽样显示，默认值= TRUE


参数：variable.qual
a boolean, if TRUE quality variable is displayed, by default = FALSE
如果是TRUE质量的可变显示，一个布尔值，默认值= FALSE


参数：sample.cont
a boolean, if TRUE sample contribution is displayed, by default = TRUE
一个布尔值，如果实际样品的贡献，默认情况下显示= TRUE


参数：variable.cont
a boolean, if TRUE variable contribution is displayed, by default = FALSE
一个布尔值，如果真正的可变贡献，默认情况下显示= FALSE


参数：plotSample
a boolean, if TRUE samples are displayed, by default = TRUE
一个布尔值，如果真正的样品，默认情况下，显示= TRUE


参数：plotVariable
a boolean, if TRUE variables are displayed, by default = FALSE
一个布尔值，如果变量显示TRUE，默认值= FALSE


参数：plotInertia
a boolean, if TRUE inertia percentage of components is displayed, by default = TRUE
一个布尔值，如果TRUE部件惯量的百分比，默认情况下显示= TRUE


参数：plotBiplot
a boolean, if TRUE biplot is displayed, by default = FALSE
真正的双标图显示，如果一个布尔值，默认值= FALSE


参数：plot3dSample
a boolean, if TRUE sample 3D plot is displayed, by default = FALSE
一个布尔值，如果实际样品的三维图显示，默认值= FALSE


参数：lab.sample
a vector, sample representation is colored by label.sample, by default = NULL
默认情况下，一个向量，样品的表示是彩色的label.sample，= NULL


参数：lab.var
a vector, variable representation is colored by label.var, by default = "quality"
一个向量，变的表示是彩色的label.var，默认情况下，“质量”


参数：palette
character, name of palette color, by default = "rainbow"
字符，名称的调色板颜色，默认情况下，“彩虹”


参数：lim.cos2.sample
a numeric, for graphics, keep samples with cos2 >= lim.cos2.sample, by default = 0
一个数字，图形，保持样品的cos2> = lim.cos2.sample，默认值= 0


参数：lim.cos2.var
a numeric, for graphics, keep variables with cos2 >= lim.cos2.var, by default = 0
一个数字，图形，变量与cos2> = lim.cos2.var，默认值= 0


参数：pdf
a boolean, if TRUE save all the graphics in a pdf file, by default = FALSE
一个布尔值，如果为TRUE保存所有的图形的PDF文件中，默认情况下= FALSE


参数：pdfname
pdf file name for saving graphics
PDF文件名保存图形


参数：verbose
print results if verbose = TRUE, by default = FALSE
打印结果，如果详细= TRUE，默认值= FALSE


参数： ...
Arguments to be passed to methods, such as graphical parameters (see 'par').
参数被传递到方法，如图形参数（见“面值”）。


值----------Value----------


参数：eig
a matrix containing all the eigenvalues, the percentage of variance and the cumulative percentage of variance
一个矩阵的所有特征值，方差，方差的累积百分比的百分比


参数：var
a list of matrices containing all the results for the active variables (coordinates, correlation between variables and axes, square cosine, contributions
矩阵的列表，包含所有的积极因素的结果（坐标，变量和轴之间的相关性，方余弦，贡献


参数：ind
a list of matrices containing all the results for the active individuals (coordinates, square cosine, contributions)
矩阵列表，包含了所有的积极的人（坐标，方余弦，贡献）

Returns the individuals factor map for axes 1 and 2, 1 and 3, 2 and 3 Returns the inertia percentage of components By default, print sample coordinates, sample quality and sample contribution
返回的个人因素轴1和2，1和3，2和3的组件默认情况下返回的惯性比例图，打印，样品坐标，样品质量与样品贡献


（作者）----------Author(s)----------


EMA group



参见----------See Also----------

plotSample, plotVariable, plotInertia
plotSample，plotVariable，plotInertia


实例----------Examples----------


data("marty")

## PCA on sample with inertia plot and sample plot colored by tumour type[＃PCA样品的的惯性图和样地着色肿瘤类型]

example.subset <- marty[1:100,]
pca <- runPCA(t(example.subset), verbose = FALSE, lab.sample = marty.type.cl)


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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。