基于新一代测序进行表观基因组测序数据处理方法及基因调控元件的识别和功能注释

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表观基因组测序数据处理方法及基因调控元件的识别和功能注释
与基因组测序不同，对用于功能研究的各种复合的测序数据，比如ChIP-seq转录因子结合位点测序、bisulfite-seq甲基化测序、3C染色质结构测序等，除了读段回帖等基本处理外，最主要的处理任务是从数据中准确检测有效信号。我们将采用混合概率模型和现代信号处理技术，结合测序数据误差模型，发展高分辨率识别转录因子结合位点、DNA甲基化、组蛋白修饰区域、染色质结构等信号的方法；将测序数据与DNA序列特征分析相结合，精细注释蛋白质编码基因、基因间区miRNA和长非编码RNA基因的启动子，包括单向和双向启动子及分歧启动子；通过综合测序数据和比较基因组学、表观遗传学和转录组数据，系统地注释基因组上的各种非编码RNA；收集或采集人和小鼠胚胎干细胞、体细胞和肿瘤细胞等多种细胞的DNA甲基化和组蛋白修饰数据，用统计学和机器学习方法划分染色质状态，建立基因组功能元件、DNA甲基化和染色质状态之间的联系，分析细胞在不同分化阶段的表观遗传学变化，建立表观遗传学调控网络并进行实验验证。