关于“卡方p值”与“OR为1的概率p值”比较的讨论

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关于“卡方p值”与“OR为1的概率p值”比较的讨论

问题来自生物统计家园二群：Biostatistician(2群)：14485958

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喝水的牛 14:56:12
我想问个统计问题，有人帮我解答下么？
为尔足肉食 14:56:32
先说来听听啊
喝水的牛 14:56:48
举个例子
喝水的牛 14:56:55
比如case vs. control
喝水的牛 14:57:05
我可以用chi-square算出来一个P value
喝水的牛 14:57:16
还可以算出odds ratio
喝水的牛 14:57:39
根据odds ratio和standard deviation还可以算出来一个P
喝水的牛 14:57:51
这个P是OR=1的probability
喝水的牛 14:58:00
我想问一下前后两个P有没有直接可比性
喝水的牛 14:58:52
求达人解释
雪蝴蝶 16:48:58
理论上是同质的东西，但为什么还要卡方p陪着OR95%CI一起用呢，因为第一个p只表示概率，不表示程度，OR表示程度
喝水的牛 16:50:11
我覺得OR的P和用LR算出來的應該一直
喝水的牛 16:50:15
一致
雪蝴蝶 16:50:46
理论上是描述的东西差不多
喝水的牛 16:52:09
明白了谢谢
缘起缘灭 16:53:07
（1）第一个P是chi-square检测P1=P2;（2)第二个可以用来检测OR=1。选择（1）或（2）对结果不仅会有不同的解释，而且对样本量小的研究, the decision to accept or reject the null hypothesis of no treatment effect 也可能不同. That is, tests and confidence intervals based on these different parameters will have different powers (probabilities of rejecting) and coverage probabilities。  
喝水的牛  16:55:18
这两个P的确应该有different boundary和sensitivity但是表示的意义应该是相似的
雪蝴蝶  16:57:05
理论上，但不是绝对，卡方p小，OR的置信区间偏离1越多，会造成后一个检验p也小
喝水的牛  16:57:48
是就和LG算的P和chi2算的一个意思
雪蝴蝶  16:58:13
理论上，呵呵，就是个大概，
喝水的牛  16:58:30
其实可以画个图看看呵呵
雪蝴蝶  16:58:35
依赖数据
喝水的牛  16:58:49
我刚看了一篇paper关于effect size和odds ration的关系的
雪蝴蝶  16:58:55
缘起缘灭的，应该是正解
喝水的牛  16:59:01
有兴趣讨论下么？
雪蝴蝶  16:59:05
有啥结论
喝水的牛  16:59:09
我只是想用这个P算power
画个ROC curve
雪蝴蝶  17:07:03
没太细看，貌似在某些条件下可以换算一下
缘起缘灭 17:40:51
我想这里有二个问题(1)对要分析的data，那一个measurement才是适合的？p2-p1,p2/p1,还是OR？它们的解释是有些不同的。譬如说p2-p1是measure absolute impact of a treatment.然而这不适合 rare evernt case, 假设我们观察到 p2-p1=0.001,如果p2=0.002 或p2=0.40,在临床的意义是不同的。(2)卡方p值（p1=p2)和OR(OR=1)的p 的比较。样本量够大，most likely,二者都会显示significance,样本量太小，可能会得出不同的结论。对case-control study,个人建议采用OR，比较容易解释结果。统计是一个具有科学性的客观工具用来分析数据，但其结果的解释是要有临床意义来支撑的。一点浅见，打字慢，请见谅，哈哈。
喝水的牛 17:42:35
不过为啥所有的GWAS都是用chi2 P呢
雪蝴蝶 20:27:25
GWAs结果也有两个，一个是chi2 p。另一个是OR95%CI，前者表示可能性，后者表示程度

kangleni

长见识了，学习学习

飞鱼

学起