2011年生物IT亚太会议暨华大基因生物信息软件发布会将于2011年7月4日至7日在深圳福田区大中华喜来登酒店隆重举行。本次会议由华大基因与英伟达(NVIDIA)公司共同举办。
7月6日下午,华大基因将首次全面发布最新研发及扩展的生物信息软件,并宣布免费下载及使用路径,主要包括基础数据分析工具(SOAP系列软件等)、群体遗传学分析工具、传统工具的并行化及优化。全新升级版的软件增加了多项新的功能,具有稳定性好、效率高等优点,可以支持动植物、微生物及人类疾病等领域的个体及群体多组学研究。通过这些软件工具可以将海量的原始数据进行分析、处理,使之成为具有明确生物学意义的生物信息。具体如下:
1.
基础数据分析工具及方法:可以对新一代测序技术产生的各种基因组数据进行全方位分析。
1) SOAPaligner3具有更高效率与精度的重新设计功能,并对国际标准格式兼容的比对,包括基于图形处
器GPU设计的专版和基于中央处理器CPU设计的通用版本。
2) 更加精准与全面的从头组装方法---SOAPdenovo2,改进了组装连续性和序列精度,对重复序列的处理进
行了全面改进。
3) 基于基因组局部组装的indel检测方法---SOAPindel,能够避免比对算法本身造成的赝像及坐标不确定
性。
4) 基于基因组从头组装结果的单碱基分辨率结构性变异检测方法---SOAPsv,能够获得各种长度范围及各种
类型的结构性变异。
5) 容许SNP的特殊比对软件,比普通比对软件更擅于处理由于多态性位点造成的系统性比对偏向性。
6) 癌症体细胞点突变检测方法
2.
群体遗传学分析工具及方法:主要基于群体基因组学研究产生的海量数据为基础,能对群体遗传变异进行更加高效、更加准确的检测分析。
1) 通过测序数据无偏估计Site frequency spectrum (SFS)并进行SNP检测的方法。 2) 基于测序数据的新关联分析方法,是下一代全基因组关联分析并可以发现更低频率的疾病关联基因的核心技术。
3) 群体插入删除分析和群体变异检测方法---群体Indel。
3.
传统工具的并行化和优化:在传统工具的基础上进行了优化,极大地提高了运行速度及效率
1) 基因组装与比对的弹性计算解决方案---SOAPdenovo的分布式计算版本(Hecate)与SOAP系列的分布式版本(Gaea)
2) 运行效率提高5-10倍的SOAPsnp2的GPU版本和CPU版本
华大基因研发及扩展的生物信息软件为信息分析增加了一些有力的数据分析工具及方法,可以很好的满足研究机构或医疗机构对不同的生物学数据的深度挖掘及分析的要求。这是生命科学领域中数据分析软件的一个重大进步,它必将为生命科学领域绘制出一幅更加美好的蓝图。
会议时间 | 2011-07-04 至2011-07-07 | 会议地点 | 广东省深圳市 | 主办单位 | 华大基因、英伟达(NVIDIA)公司 | 联系人 | 组委会 | 电话 | +86-755-25273340 | Email | meeting@service.genomics.cn | [tr]会议规模 | 不详 | 会议网址 | http://www.bioitapac.org |
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