CEPH YAC 图

xiaoliu

CEPH YAC 图
1993 年 ， 巴 黎的  CEPH （ Centre  d�études  du  Polymorphisme  Humain ） ，与
Genethon 合作，发表了人类基因组的第一张物理图谱。这张图由几套重叠 YAC 组
成，形成连接邻近基因标记物的途径。YAC 重叠可由几种技术鉴定，包括 YAC 指
纹印迹 法（YAC  fingerprinting）、 与  inter-Alu  PCR 结果杂 交法、荧光 原位杂交
（FISH）和 STS 含量图。尽管 YAC 克隆图大部分已被更方便的以 STS 为基础的

图谱替代，对于要包括
用的。

CEPH  YAC

库或以克隆为基础的反应物的制图项目还是有


由于 YAC 库中的高嵌合率，在两个通过指纹法或 inter-Alu  PCR 杂交法确定相互重
叠的  YAC 之间，每一小步可能都很可能跨过基因组的一个物理距离。基 于这一
点，短距离比长距离更可靠，这一概念已植入  CEPH 的词条“level”中。一个  1 级
（level）途径，由两个锚定 STS 组成，它们应至少有一个 YAC 直接连接。这类途
径，与平面  STS 含量图中用于确定相邻关系的键或单键相类同。可以让研究者从
一个  STS 跳到另一个，而无需跳过任何 YAC/YAC 连接点。相反，一个  2 级途
径，由两个锚定 STS 组成，不直接由单个 YAC 连接，而是由 inter-Alu PCR 或指纹
法确定在包含它们的两个或多个 YAC 间有一个重叠，所以 2 级途径需要跳过一个
YAC/YAC 连接点。3 级途径需跳过 2 个。4 级需跳过 3 个，等等。尽管每一种的
可靠性尚未经验性证明，通过对一套 CEPH 数据的分析暗示 4 级或更高时可能不精
确。而幸好 CEPH 途径中近 90％的基于间距为 3 级的或更低。



从 CEPH 服务器得到 YAC 重叠
CEPH 图可以在其单位的网址上在线获得。这里可找到的链接有

YAC

库信息，也

有一系列图谱的后转录文件，用于制图的

QuickMap 软件，以及含原始图谱数据的

文件。浏览 CEPH 图最好的作用方法为下载 QuickMap 文件，安装并利用它来观看
数据文件。然而，由于  QuickMap 只在 Sun 工作站工作，这种方法已经不可行。
CEPH 也提供针对 QuickMap 的一种在线界面，在通过标有 Infoclone 的链接处可以
获得。这时会弹出一页，可以提交一个 STS、或一个基因标记物或一个 YAC 的名
称。提交名称后会回执所有关于它的原始图谱数据。该文本是超链接，可以从一个
YAC 的单一 inter-Alu PCR 杂交跳至另一个。
要得到数据，将浏览器连到 CEPH 的网址上。这会弹出 ECPH  Genethon 网页。现
在找到并选择 I 链接，接下来的一页会要你在一个小文本栏中输入一个 YAC 或一
个  STS 的名称。YAC 应遵循简便 的 plate_row_column（板块_ 排_列）格式， 如
923_f_6。对于 STS，可以用 GDB 分配的 D－片断名（如果可得的话）或是实验室
分配的研究名称。该文件只针对特定事例，所以输入  AFM20ZE3 不会得到正确的
名为 AFM220ZE3 的 STS。也应注意 YAC 地址中排的名称应小写。
按下 Query（查询）键，如果该名称存在于 CEPH 数据库中，那么含相似信息的页
面将会出现。第一部分包括一些关于  STS 的总体信息，如引物序列和基因图谱信
息。第二部分给出 STS 的  YAC 搜索数据。该部分列表中的所有  YAC 通过直接
PAC 扫描均发现含有该 STS，注释 Alu-PCR  probe（探针）说明这个 YAC 在 inter-
Alu  PCR 杂交实验中被选用为探针。第三部分包含与 STS 相邻的 YAC 的信息，它
们与 STS 相隔一个 inter-Alu PCR 的距离。

为得到一个 YAC 上的制图信息，可在文本栏输入其名称并按下 Query 键，出现的
界面将会给出 YAC、FISH 和 STS 含量图数据的尺寸信息，以及 inter-Alu  PCR 和
指纹印迹实验中衍生出的重叠信息。
每个 YAC 词条有几个编码与之相关。例如，在直接 PCR 扫描表中，c 说明 CEPH
进 行 实验 的 无 分 歧结 果 ， 而  E 说 明 为 单个 已 证 明 的  YAC ， 来 源于 外 在 （ 非
CEPH）实验室。在 YAC/YAC 重叠表中，a 说明为一个 A－PCR 关系，而 f 说明为
一个指纹印迹关系。完整的编码表从位于该页上的不同帮助链接中而得到。
CEPH  YAC 库的一个子集已由脉冲区凝胶电泳法限定了大小。如果可以得到它，
就能得到 YAC 的大小。在某些情况下，可以找到多带，这是污染的结果，或是因
为在 YAC 插入区和克隆生长时 DNA 的随机删除所造成的。这种情况下，多 YAC
的大小也会演示出来。