Stanford University 放射性杂交图

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Stanford University 放射性杂交图
Stanford  Human  Genome  Center 已经用  G3 制图板发展 了一张基因组放射性杂交
图。由于比  G4 板所用放射量更高，G3 板的分辨率更高，但是代价是在探测长距
离连接时限制很大。Stanford 图一般在平均 375kb 的范围内存在～8000 个 STS，这
些标记物中，3700 个左右是表达序列，存在于  NCBI 转录物图中。同以往一样，
在基因组很多部分中，Stanford
高。

图中的表达序列比“全包容”NCBI 图中的准确性更


Stanford

提供一个放射性杂交图制图服务器。如同

Whitehead 服务，这个服务器允

许对从 Research  Genetics 和其它业主处得到的 G3 板进行 STS 扫描。输入数据，服
务器将会尝试将 STS 与 Stanford 图相连，并用 Email 返回结果。因为 G3 板不能探
测长距离连接，在无其它图谱信息时，Stanford 服务器只能将 75％的 STS 定位在
一条染色体上。但是如果要在可选区域内提供标记物的染色体分布。服务器就能够
在一个低优势对数连接值时进行分析，并可对 90％的情况作出分布图谱。
当 使用  PCR 时 ，STS 应对  83G3 板  DNA 扫 描。 为得 到最 好的 结果 ，可 使用
Stanford 的 RH  Protocol 主页给出的 PCR 协议，每次分析结果都应该复制，并且复
制品间有分析差异就应该重复或标为未知。
Stanford  服务 器返 回的 制图 结果 由一 系列 相应 的标 记物 分布 组成 。对 于每 一个
STS，服务器都会报告离其最近的基因标记物、染色体、和标记物到 STS 的距离，
以  centiray（cR）为单位。尽管对于制图结果并不提供图形显示，图谱信息还是可
以用来与以上 讨论的浏览图形结合来说明所 提交 STS 相对于  Stanford 图上其它
STS 的位置。
要提交这一数据，连接 Stanford 的主页，并按下 RH 服务器的链接，然后是  RH
Server  Web  Submission。输入 Email 地址和提交号的区域已被说明。Email 地址对
于保证收到制图结果是很重要的。提交号是一个可选择栏，它会同结果一起回执给
用户，并且用于帮助工作人员使结果组织化。如果 STS 的染色体分布已知，那么
应输入到标有  Chromosome  Number 的区域。这个信息会增加制图软件测出一个正
确连接的能力。
现在，将筛选数据粘到大型正文栏中，并按提交键。制图结果一般在几分钟内通过
Email 回执。Stanford 服务器以一系列相对基因标记物的位置返回制图结果。对于
每个 STS，服务器会报告离其最近的基因标记物、其所在染色体和 STS 到标记物
的距离（以  centirays 为单位）。尽管并不提供制图结果的图形显示，制图信息仍
可用于和以上标出了用户的 STS 相对 Stanford 图谱上的其它 STS 的位置的可浏览
型图谱相结合。