Whitehead 放射性杂交图

xiaoliu

Whitehead 放射性杂交图
STS 也能被置于 Whitehead 放射性杂交图中，这比 STS/YAC 含量图的问题简单很
多，因 为在放射性杂交 图上搜索一 个  STS 只用  93 次  PCR，而 不是  1000 次。
Whitehead 放射性杂交图使用 Genebridge 4  radiation  hybrid panel。与 CEPH YAC 库
一样，这些细胞谱系的 DNA 也可以从一些生物技术公司那儿得到。而有些公司还
提供搜索服务。为得到最好的结果，PCR 必须在与制作 Whitehead 图的相同条件下
进行，并应在复制时进行。复制 PCR 间出现的不同结果说明应继续重复或以未知
物对待。
首先，将杂交模板筛选结果重定为“rhv”格式，看上去如下：
sts_name1
001001011000001000000011010001101110011100101001211001110101010100101000
sts_name2
000001111000001000000011010000001110011100101001211001110101010100100000

每个数字代表每个放射性杂交细胞系的 PCR 结果：0 说明 PCR 结果为负（无反应
产物）， 1 说明为正，2 说明 为“未知”或“未完成”。载体上 数字的顺序是很重 要
的，必须与 G4rhp 中的正式顺序相对应。为找到该顺序，可沿（Whitehead 物理图
页上）标有“How  the  radiation  hybrid  maps  were  constructed”（如何构建放射性杂交
图）的链接，再按下标有“G40”的链接。该顺序与它们由 Research  Genetics 运输时
包装的 DNA 顺序相同，所以它一般还不是结果。要增加可读性，可在载体内加入
空格，用一个或多个空格、或 Tab 键就可以将 STS 名称与扫描数据分离开了。
从 Whitehead 物理图页上，按下标有“Place your own STSs on  the genome  framework
map”（将你自己的 STS 放入基因组框架图中）的链接，再输入提示的合适的 Email
地址，并将 PCR 值粘贴至位于该页上的大型主题框。输入正确的 Email 地址很重
要，否则制图结果将有可能被误解。
默认时，制图数据会以正文形式返回。为产生放在 Whitehead 图上的 STS 的图形，
选择一个标有 Mac  PICT（针对 Macintosh 系统）或 GIF（针对 Windows 和 Uinx 系
统）的选项按钮。
当设置完成时，按下“提交”键。当数据已被转交或正在制图时，你会得到一个证
明，在一小时内结果将会通过 Email 回执给你。
对于大量的筛选数据，如果用剪切和粘贴来向服务器提交这些文件就不太方便了。
这时可以将数据以纯文本形式存在用户盘上，然后用 RH 制图页中的浏览键来定义
并提交此文件给服务器，同样，Email 地址也要手工输入。
对于～98％的提交的标记物，Whitehead 放射性杂交图制图服务器都会找到特定的
位置。如果安置成功，软件将会给一回执，包括该标记物的染色体分布和在染色体
连接群中的位置、对标记物的表格式说明、和在 Whitehead 放射性杂交图上两侧标
记物的存在时其数据情况。按要求将会得到一张 Macintosh 图或 GIF 格式图。这些
图由 Whitehead 框架图组成，所提交 STS 的位置以红色标明。
如果发现标记物连接的染色体多于一个或是根本就没有连接 ，制图 过程也 可能失
败。在前一种情况中，可以重新提交并设置高优势对数值，这样服务器将会认为其
连接 一个染 色体 ，在后 一种情 况中 ，你可 以试着 利用 放射性 杂交图 页上 的一个
pop-up 菜单将限制性降低。如果一个标记物确实连向多个染色体，那么有可能用
STS 探测出重复序列。