蛋白质的三维结构 预测

xiaoliu

蛋白质的三维结构
蛋白质三维结构预测时最复杂和最困难的预测技术。研究发现，序列差异较大的蛋
白质序列也可能折叠成类似的三维构象，自然界里的蛋白质结构骨架的多样性远少
于蛋白质序列的多样性。由于蛋白质的折叠过程仍然不十分明了，从理论上解决蛋
白质折叠的问题还有待进一步的科学发展，但也有了一些有一定作用的三维结构预
测方法。最常见的是“同源模建”和“Threading”方法。前者先在蛋白质结构数据库中
寻找未知结构蛋白的同源伙伴，再利用一定计算方法把同源蛋白的结构优化构建出
预测的结果。后者将序列“穿”入已知的各种蛋白质的折叠子骨架内，计算出未知结
构序列折叠成各种已知折叠子的可能性，由此为预测序列分配最合 适的折 叠子结
构。除了“Threading”方法之外，用  PSI-BLAST 方法也可以把查询序列分配到合适
的蛋白质折叠家族，实际应用中发现这个方法的效果也不错。
SWISS-MODEL：自 动 蛋白 质同 源 模建 服务 器 ，有 两个 工 作模 式： 第 一步 模式
(First  Approach  mode)和优化模式(Optimise  mode)。程序先把提交的序列在  ExPdb
晶体图像数据库中搜索相似性足够高的同源序列，建立最初的原子模型，再对这个
模型进行优化产生预测的结构模型。
CPHmodels：也是利用神经网络进行同源模建预测蛋白质结构的方法。
SWISS-MODEL 的网址是：http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html。
CPHmodels 的网址是：http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/。