预测蛋白质的物理性质

xiaoliu

预测蛋白质的物理性质
从蛋白质序列出发，可以预测出蛋白质的许多物理性质，包括等电点、分子量、酶
切特性、疏水性、电荷分布等。相关工具有：
Compute  pI/MW：是 ExPASy 工具包中的程序，计算蛋白质的等电点和分子量。对
于碱性蛋白质，计算出的等电点可能不准确。
PeptideMass：是 ExPASy 工具包中的程序，分析蛋白质在各种蛋白酶和化学试剂
处理 后的内 切产物 。蛋白 酶和化 学试剂 包括胰 蛋白酶 、糜蛋 白酶 、LysC 、溴 化
氰、ArgC、AspN 和 GluC 等。
TGREASE：是 FASTA 工具包中的程序，分析蛋白质序列的疏水性。这个程序延
序列计算每个残基位点的移动平均疏水性，并给出疏水性-序列曲线，用这个程序
可以发现膜蛋白的跨膜区和高疏水性区的明显相关性。
SAPS：蛋白质序列统计分析，对提交的序列给出大量全面的分析数据，包括氨基
酸组成统计、电荷分布分析、电荷聚集区域、高度疏水区域、跨膜区段等等。
ExPASy 的网址是：http://www.expasy.ch/tools/。
下载 FASTA 的网址是：ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/。
SAPS 的网址是：http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html。