核酸的一些重复序列分析方法

xiaoliu

对于真核生物的核酸序列而言，在进行基因辨识之前都应该把简单的大量的重复序
列标记出来并除去，因为很多情况下重复序列会对预测程序产生很大的扰乱，尤其
是涉及数据库搜索的程序。常见的重复序列分析程序有 CENSOR 和 RepeatMasker
等，可以在 Web 界面上使用这些程序，或者用 Email 来进行。如果有大量序列需
要处理，可以使用 XBLAST 程序，它可以从 Internet 上下载得到。XBLAST 中以及
包含了由程序作者收集整理的一些重复序列，此外还可以从 Repbase 中找到更多的
重复序列。还可以把克隆载体也加入重复序列中，这样就可以在处理重复序列时顺
便把克隆载体也一同除去。经处理的序列中重复序列所在位置会一律由“X”代替。
CENSOR 和 Repbase 的网址是：http://www.girinst.org/。
CENSOR 的 Email 服务地址是：censor@sharon.lpi.org。
RepeatMasker 的网址是：http://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker。
下载 XBLAST 的网址是：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/jmc。
下载 Repbase 的网址是：ftp://ncbi/nlm.nih.gov/repository/repbase/REF。