常见的序列比对策略

xiaoliu

比较是科学研究中最常见的方法，通过将研究对象相互比较来寻找对象可能具备的
特性。在生物信息学研究中，比对是最常用和最经典的研究手段。
最常见的比对是蛋白质序列之间或核酸序列之间的两两比对，通过比较两个序列之
间的相似区域和保守性位点，寻找二者可能的分子进化关系。进一步的比对是将多
个蛋白质或核酸同时进行比较，寻找这些有进化关系的序列之间共同的保守区域、
位点和 profile，从而探索导致它们产生共同功能的序列模式。此外，还可以把蛋白
质序列与核酸序列相比来探索核酸序列可能的表达框架；把蛋白质序列与具有三维
结构信息的蛋白质相比，从而获得蛋白质折叠类型的信息。
比对还 是数据库 搜索算法 的基础， 将查询序 列与整个数 据库] 的所有序 列进行比
对，从数据库中获得与其最相似序列的已有的数据，能最快速的获得有关查询序列
的大量有价值的参考信息，对于进一步分析其结构和功能都会有很大的帮助。近年
来随着生物信息学数据大量积累和生物学知识的整理，通过比对方法可以有效地分
析和预测一些新发现基因的功能。