PIR 和 PSD 蛋白质序列数据库介绍

xiaoliu

PIR 国际蛋白质序列数据库(PSD)是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列
信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共
蛋白质序列数据库。这是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库，
包含超过 142,000 条蛋白质序列(至 99 年 9 月)，其中包括来自几十个完整基因组的
蛋白质序列。所有序列数据都经过整理，超过  99%的序列已按蛋白质家族分类，
一半 以上还 按蛋白质 超家族 进行了 分类。 PSD 的 注释中 还包括 对许多 序列、结
构、基因组和文献数据库的交叉索引，以及数据库内部条目之间的索引，这些内部
索引帮助用户在包括复合物、酶－底物相互作用、活化和调控级联和具有共同特征
的条目之间方便的检索。每季度都发行一次完整的数据库， 每周可 以得到 更新部
分。
PSD 数据库有几个辅助数据库，如基于超家族的非冗余库等。PIR 提供三类序列
搜 索服 务： 基于 文 本的 交互 式检 索 ；标 准的 序 列相 似性 搜索 ， 包括  BLAST、
FASTA 等；结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族信息的高级搜索，包括按注
释分类的相似性搜索、结构域搜索 GeneFIND 等。
PIR 和 PSD 的网址是：http://pir.georgetown.edu/。
数据库下载地址是：ftp://nbrfa.georgetown.edu/pir/。