利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子Promoter

moshengren

第一部分 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动子（Promoter）

下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤

1．打开
Map viewer页面，网址为：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html

在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示：
file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/05/clip_image001.jpg
2．点击“GO”出现如下页面：
file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/08/clip_image001.jpg

3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：

说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了

三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽管

你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序

列。现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的

一个序列。我也推荐大家使用这个序列。

4．点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，页面下方为：

file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/12/clip_image001.jpg

5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：
file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/15/clip_image001.jpg

先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下

拉式选择菜单，默认的为FASTA格式，还有一个是GenBank格式。我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。

6．在Sequence Format后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关

信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：

file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/20/clip_image001.jpg

在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出

来的等各种信息。 你会看到: mRNA joi(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 这代表了从基因的3598位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA片断，由于内含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了几段。 CDS join(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..7970) CDS代表编码序列，即蛋白编码区是从3660开始的（ATG），由于剪接作用所以CDS区也是不连续的。

说到这里，可能很多朋友都已经明白了promoter即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几句：转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是

猜测它的大体位置，如果你要研究promoter区的话，建议你选择转录起始位点前的2000

个碱基进行研究，一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研

究-1000到0这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。

找到自己的目的基因序列和启动子了，它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。希望大家可以发帖交流，让我们把NCBI用的更好！