分子生物学数据库

genechip

综合数据库：

最权威的生物信息学网址链接：http://www.bioinformatics.vg

生物信息学网址链接：http://www.bioinformatics.ca/links_directory/

Nucleic Acid Research Database Issue：http://nar.oupjournals.org/content/vol32/suppl_2/

一、蛋白相关数据库蛋白质结构域预测工具



Esignal：http://motif.stanford.edu/esignal/

信号传导系统蛋白的结构域预测工具，凡是涉及到信号传导系统的蛋白用这个预测效果最佳

SignalP：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

信号肽预测工具，适合定位于非胞质位置的蛋白质

Emotif：http://motif.stanford.edu/emotif-search/

结构域预测工具，由于其用motif电子学习的方法产生结构域模型，故预测效果比Prosite好

Ematrix：http://fold.stanford.edu/ematrix/

是用Matrix的方法创建的结构域数据库，可与emotif互相印证。其速度快，可快速搜索整个基因组

InterPro：http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/

EBI提供的服务，用图形的形式表示出搜索的结构域结果

TRRD：http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/

转录因子结构域预测的最好数据库。但不会用

Protscale：http://cn.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl

可分析该序列的各种性状如活动度、亲水性（Kyte&Doolittle）、抗原性（Hopp&Woods）等

通过寻找MOTIF和Domain来分析蛋白质的功能

A. MOTIF是蛋白中较小的保守序列片断，其概念比Domain小

PROSITE：http://cn.expasy.org/tools/scanprosite/

是专门搜索蛋白质Motif的数据库，其中signature seqs是最重要的motif信息

B. Domain：若干motif可形成一个Domain，每个Domain形成一个球形结构，Domain与Domain之间通常像串珠一样相连

Pfam：http://www.sanger.ac.uk

可以搜索某段序列中的Domain，并以图形化表示出来。这个数据库非常重要。用法：在搜索栏中输入蛋白的swissprot的序列号

CDD：http://www.ebi.ac.uk/interpro/

NCBI搜索时在每个蛋白质Link旁都有Blink，Domains两个链接。Domains可以直接看到这个蛋白的确定的结构域。如果要在CDD数据库寻找Domain信息，则可进入Blink链接，再进行CDD搜索，就可以了。看Domain的详细信息可以到：http://www.ebi.ac.uk/interpro/上进行搜索查看

蛋白跨膜序列分析

kyte-Doolittle疏水性分析：每个等于或高于1.8的峰都可能是跨膜结构域

蛋白质结构预测工具

PREDATOR：http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_preda.html

蛋白质二级结构预测工具

蛋白质糖基化位点的预测

http://bioresearch.ac.uk/browse/mesh/C0017982L1222670.html

这是个综合连接。包括：DictyOGlyc prediction server，NetOGlyc prediction server，YinOYang server，META II PredictProtein server，O-GLYCBASE，GlycoMod tool

蛋白质结构数据库

MMDB：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/MMDB/mmdb.shtml

NCBI的蛋白质结构数据库，要使用Cn3D v4.1软件观看

PDB：http://www.rcsb.org/pdb/

Protein Data Bank, 要使用Swiss PDB viewer软件观看

蛋白质综合数据库

PIR：http://pir.georgetown.edu

Uniprot http://www.pir.uniprot.org

二、核酸相关数据库

三大主要核酸序列数据库：

EMBL：http://www.ebi.ac.uk/embl/

GenBank：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/

DDBJ：http://www.ddbj.nig.ac.jp

RNA二级结构及非编码区功能预测：

RNA二级结构预测：http://www.genebee.msu.su/services/rna2_reduced.html

速度快，生成图像

最好的RNA二级结构预测软件：mfold

UTR功能区预测：http://bighost.area.ba.cnr.it/BIG/UTRHome/

预测mRNA翻译能力的在线工具：http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/programs/acts2/ma_mRNA.htm

其说明书在：http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/papers/kochetov/bioinf/

RegRNA:http://bidlab.life.nctu.edu.tw/RegRNA2/website/

RFAM：http://www.sanger.ac.uk/Software/Rfam/

RNA world：http://www.imb-jena.de/RNA.html

RNA resource Links：http://bidlab.life.nctu.edu.tw/RegRNA2/website/references/

基因转录调控相关数据库

EPD http://www.epd.isb-sib.ch

真核生物启动子，好用

TRRD：Transcription Regulatory Regions Database

可搜索某一基因的调控区及相关转录因子

TRANSFAC：http://www.generegulation.de

可搜索所有转录因子的数据，好用

启动子数据库：http://www.epi.isb-sib.ch

转录因子结合位点 http://www.ejbiotechnology.info/content/vol3/issue3/full/2/bip/

电子延伸相关在线软件

意大利CAP3软件：http://bio.ifom-firc.it/ASSEMBLY/assemble.html

强烈推荐使用，使用时只需将整个Unigene全部序列文件输入就可以了

序列比对在线软件

Multialin：http://prodes.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html

最好的多序列比对在线工具

FASTA：http://www.ebi.ac.uk/fasta/，http://fasta.bioch.virginia.edu

BLAST：http://www.ncbi.nih.gov/BLAST/

Motif的发现与利用Motif发现新的功能基因

MEME：http://meme.sdsc.edu/meme/website/intro.html

可以发现几个序列所共有的motif以及根据已知的motif搜索est数据库以发现新的基因，此软件输出结果不好读懂

BLOCK Maker：http://blocks.fhcrc.org

in which Block maker is Very Good

http://bioinformatics.weizmann.ac.il/blocks/blockmkr/www/make_blocks.html

可通过蛋白多序列比对寻找其中的保守区域，非常好用，易学

IRES及其他UTR功能序列的预测

UTRscan：http://bighost.area.ba.cnr.it/BIG/UTRScan/，http://www.ba.itb.cnr.it/BIG/UTRScan/

需要先注册email

三、表达数据库

EST聚类表达数据资源

Unigene：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene/

不用说了，老牌的EST聚类程序，数据库质量很好，但毛病也不少，不过我常用它

TIGR：http://www.tigr.org/tdb/tgi/

按独一无二的剪接体对EST进行聚类，并从中得出独一无二的共有的序列，每个Cluster的EST都有图形排列显示

Allgenes：http://www.allgenes.org

其EST聚类要求比较严格，但每个Cluster都有一个质量极高的mRNA序列，可轻松定位到基因组上

MIPS：http://mips.gsf.de/proj/human/

MIPS的EST聚类数据库。其中有个工具特别好，就是在BLAST服务中有个可以得到与BLAST基因相近EST的组织分布的程序

特殊的表达数据库

前列腺表达数据库：http://www.pedb.org

膀胱癌EST数据库：http://bladder.nhri.org.tw

Microarray和SAGE表达数据库及其分析工具

全身正常组织microarray数据（U133A, U133B）：http://www.dev.gmod.org

较全的全身正常组织microarray数据库，推荐，要搜索表达数据需在search中数据探针名称（U133A, U133B），注意必须安装Adobe SVG Viewer，得到的数据需要用photoshop颠倒过来才能观看。

斯坦福大学生物芯片数据库：http://genome-www5.stanford.edu/

最好的生物芯片数据库，不仅数据源丰富，而且数据搜索软件功能齐全，但要学会也需要点时间

CleanEX：http://www.cleanex.isb-sib.ch

用于分析比较来源于不同技术平台的表达数据

EBI array database：http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/

欧洲生物信息学会主办的基因芯片数据库

RAD：http://www.cbil.upenn.edu/RAD/php/

功能与CleanEX近似，推荐使用

Gene Expression Db：http://discover.nci.nih.gov

提供60多个肿瘤细胞系的基因芯片数据

NIAID：http://madb.niaid.nih.gov

ONCOMINE：http://141.214.6.50/oncomine/main/

AWR1Uko AND MY EMAIL非常好的肿瘤microarray数据库

GENEHOPPER：http://genehopper.lumc.nl/db/

利用accession num将microarray数据与Genebank进行连接的软件

NetAffx：https://www.affymetrix.com/analysis/netaffx/index.affx

Microarray Anotation Database：探针注释数据库

四、其它数据库

免疫学相关数据库

MHCI结合表型预测：http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/hla_bind/

已经试过，非常好用

两种常用表位预测数据库

ProPred-I： http://www.imtech.res.in/raghava/propred1/

SYFPEITHI：http://www.uni-tuebingen.de/uni/kxi/

MHCI表型预测与蛋白酶体降解分析

SYFPEITHI的MHCI表型预测工具：http://syfpeithi.bmi-heidelberg.com/Scripts/MHCServer.dll/EpitopePrediction.htm

SEREX数据库：http://www2.licr.org/CancerImmunomeDB/

CT抗原数据库：http://www.cancerimmunity.org/CTdatabase/

Immunology相关工具综合：http://www.cancerimmunity.org

特殊数据库

McGill：http://ww2.mcgill.ca/androgendb/

雄激素受体数据库

肿瘤数据库

染色体突变数据库：http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/

内源性逆转录病毒数据库：http://www.girinst.org

包含100多个内源性逆转录病毒家族，每个家族都给出了共有序列

基因注释数据库

ensemble：http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/

综合各种基因注释的平台

OE：http://vortex.cs.wayne.edu/Projects.html

基因功能注释的重要工具，提供每个注释的生物学意义的评分

GENMAPP：

将基因芯片数据综合在各种生物通路上，帮助分析表达数据的生物学意义

GeneCard：http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/

很全的基因卡片

突变数据库

HGMD突变数据库：http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd/search.html

包含各种疾病和基因的突变数据

肿瘤基因数据库：http://condor.bcm.tmc.edu/ermb/tgdb/tgdb.html

搜索起来不是很方便

比较基因组学数据库

VISTA：http://www-gsd.lbl.gov/vista/

最重要的比较基因组学在线软件，强烈推荐使用

PCR相关网站

引物数据库：http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/

含180000条mRNA特异引物，非常好用

方便的实验室运算软件

MOLBIOL.RU：http://molbiol.ru/eng/scripts/

可以进行随机核酸序列的产生，PCR条件优化运算等

密码子使用频度数据库：http://www.kazusa.or.jp/codon/