生物信息学 序列与基因组学 分析流程 真菌类

moshengren

对一种真菌的基因组测序研究或许能够回答下面的问题: 为什么一种真菌能够成为病原物,而另外一种能够成为一种杀虫剂。 下一代的测序技术( SOLiD , 454 and Genome Analyzer System )使得对真菌 　　 对一种真菌的基因组测序研究或许能够回答下面的问题:   为什么一种真菌能够成为病原物,而另外一种能够成为一种杀虫剂。   下一代的测序技术(SOLiD, 454 and Genome Analyzer System)使得对真菌进行快速的测序成为可能,   在得到测序数据后,主要要进行后续的数据处理和分析:   第一步:   对序列进行组装,如果是重测序,可以用MAQ进行组装;   如果是对新物种进行(de novo)测序,用velvet进行组装.      第二步:   对组装后得到的Scaffold进行全基因组基因注释:   包括:基因组组分分析;编码基因预测;重复序列注释;Non-coding RNA基因注释;Micro RNA基因注释;tRNA基因注释;假基因(Pseudogene)注释等.   常用到的编码基因用到的软件有:   Augustus: http://augustus.gobics.de/   Fgenesh: http://www.softberry.com/   Genemark: http://exon.biology.gatech.edu/ 第三步:   对预测的基因进行功能(Gene Ontology,调控Motif,Pathway等)注释:   可以使用的软件有:InterproScan,SignalP,SMURF   第四步:   比较基因组和分子进化分析:   如快速进化(rapid evolution)分析,共线性分析(Synteny Block),基因家族分析等;   常用的进化树分析软件:   MEGA:http://www.megasoftware.net/   与真菌相关的基因家族如:   P450:  http://p450.riceblast.snu.ac.kr                 http://drnelson.utmem.edu/CytochromeP450.html 主要的真菌测序机构:    http://www.genolevures.org/ http://www.broadinstitute.org http://www.jgi.doe.gov/ http://www.sanger.ac.uk/ 转自 http://www.bioxxx.cn/thread-2396-1-1.html

dusttwo

不错，这些软件包很实用