R语言 做t检验分析

genechip

原始数据格式如下

> rowdata
     case1    case2    case3    case4       d1       d2       d3       d4       d5
1 131.6050 288.4217 297.9130 294.2759 166.6447 323.0771 171.4527 310.9189  83.5828
2 158.2153 103.3708 132.1709 169.5547 138.6331 145.2714 124.1450 243.5407 306.1274
3 198.7473 173.5684 252.8740 180.0233 313.6674 240.7420 145.0514 230.9099 347.9528
4  14.4411  81.6446  58.7209  47.2538  58.2751  48.7055  54.4860  41.6889   8.9292
5  37.4716 109.1788 112.0269 125.6444  73.2163  77.8732  56.2856 160.9400 332.9519



t.test_pro<-function(path1,path2,n,classnumb=c(...)){
lili<-as.matrix(read.table(path1,header=T));
g<-as.numeric()
  for(i in 1:n){
  z<-rep(i,classnumb)
  g<-c(g,z)
  }
  g1<-as.factor(g)
  Pvalue<-list()
  Tvalue<-list()
  MEAN_value<-list()

  kk<-data.frame()
  for(i in 1:dim(lili)[1]){
   data<-lili[i,]
   result<-t.test(data~g)
   Pvalue[]<-result[[3]]
   Tvalue[]<-result[[1]]
   MEAN_value[]<-result[[5]]
   }
   mean_1<-lapply(MEAN_value,function(x) x[1])
   mean_2<-lapply(MEAN_value,function(x) x[2])
  liliresult<-cbind(lili,as.numeric(Tvalue),as.numeric(Pvalue),as.numeric(mean_1),as.numeric(mean_2))
  colnames(liliresult)<-c(colnames(lili),"Tvalue","Pvalue","Meanx_1","Meanx_2")
  liliresult

  write.table(liliresult,path2)
}
t.test_pro(path1="",path2="",n=2,classnumb=c(4,5))

其中path1是输入数据路径，path2是输出数据路径，n代表数据中两组样本，classnumb代表两组样本个体数目。