R语言 yaqcaffy包 yaqc.affy()函数中文帮助文档(中英文对照)

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yaqc.affy(yaqcaffy)
yaqc.affy()所属R语言包：yaqcaffy

                                        'YAQCStats' constructor
                                         YAQCStats的构造

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generate YAQC metrics for Affymetrix data.
产生Affymetrix数据YAQC的指标。


用法----------Usage----------


myYaqcControlProbes=NULL,
alphas=NULL,
tgt=100,
tau=0.015,
logged,



参数----------Arguments----------

参数：object
a object of type AffyBatch or ExpressionSet.
对象的类型AffyBatch或ExpressionSet。


参数：myYaqcControlProbes
an object of type YaqcControlProbes. If none is supplied (default behaviour), the control probes are selected automatically. See the YaqcControlProbes class for more details probeSelectionInterface to generate such an object.
类型YaqcControlProbes的对象。如果没有提供默认行为，控制探针自动选择。详情请参阅YaqcControlProbes类probeSelectionInterface产生这样一个对象。


参数：alphas
a numeric of length 2 with the alpha1 and alpha2 values. Alpha1 and alpha2 are thresholds used to define if a given probe shoudl be called present (p<alpha1), marginal (alpha1<p<alpha2) or absent (alpha2<p), where p is the p-value from the Wilcoxon Signed Rank test used in MAS5. The default is to get these values from simpleaffy's qcdef files (see simpleaffy's vignette for more details) or to use 0.04 and 0.06 as default values.
alpha1和alpha2值2长度的数字。 alpha1和alpha2是用来定义，如果一个给定的的的探针shoudl被称为（P <甲一）目前，边际阈值（α1<P <alpha2）或缺席（alpha2 <P），其中p是p值从魏氏符号秩在MAS5测试使用。默认的是让这些值，从simpleaffy的qcdef文件（详情请参阅simpleaffy的暗角），或使用默认值0.04和0.06。


参数：tgt
the target intensity to which the chips should be scaled  (used to calculated the MAS5 intensitiy values).
目标强度的芯片应缩放（用于计算的MAS5 intensitiy值）。


参数：tau
used for detection p-value.
用于检测p值。


参数：logged
to be used with an ExpressionSet object, defining if the expression intensities are logged.
用于ExpressionSet对象，定义，如果表达强度记录。


参数：verbose
logical value. If 'TRUE', it writes out some messages indicating progress. If 'FALSE' nothing should be printed.
逻辑值。如果“TRUE”，写出一些消息表明进展。应印有没有如果假。


Details

详情----------Details----------

Affymetrix recommends a set of quality control metrics to check the quality of GeneChips expression arrays. This function applies the guidelines described in the Affymetrix Microarray Quality Control Consortium (MAQC) protocols to asses the succes of the hybridization. See the package vignette for more details.
Affymetrix公司建议的质量控制指标的一套基因芯片表达阵列检查质量。此功能适用于Affymetrix公司的微阵列质量控制联盟（MAQC）驴杂交的更迭协议中所述的指引。请参阅有关详细信息，包小插曲。

This function takes a raw (unnormalised) AffyBatch object or an ExpressionSet object. In the first case, it computes MAS5 intensity values, expression calls(see call.exprs) and other quality-related metrics to generate an YAQCStats. If an ExpressionSet object is provided, only the &beta;-actin, GAPDH  and internal control values are computed.
这个函数需要一个原始（unnormalised）AffyBatch对象或ExpressionSet对象的。在第一种情况，计算MAS5强度值，表达呼吁（见call.exprs）和其他质量相关指标生成1 YAQCStats的。如果ExpressionSet对象提供的，只有&beta;-肌动蛋白，GAPDH和内部控制值计算。


值----------Value----------

An YAQCStats object describing the input object
YAQCStats对象描述的输入对象


作者（S）----------Author(s)----------


Laurent Gatto



举例----------Examples----------


    ## loading data[＃加载数据]
    library(affydata)
    data(Dilution)
    ## qc analysis[＃QC分析]
    qobj <- yaqc(Dilution)
    show(qobj)

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