R语言 XDE包 symbolsInteresting()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

symbolsInteresting(XDE)
symbolsInteresting()所属R语言包：XDE

                                        Useful for changing the look of pairs plots to emphasize
                                         有用的改变强调对图的外观

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function can be used to order genes in a matrix by the rank of a statistic and provide different plotting symbols and colors for genes that exceed a certain threshold of the ranking statistic.
此功能可用于订购的统计排名矩阵中的基因，为基因的排名统计，超过一定的阈值不同的绘图符号和颜色。


用法----------Usage----------


symbolsInteresting(rankingStatistic, percentile = 0.9, colors = c("grey50", "royalblue"), symbols = c(".", "o"), size = c(3, 1), background = c("white", "grey70"))



参数----------Arguments----------

参数：rankingStatistic
Any numerical vector  
任何数值向量


参数：percentile
A percentile of the rankingStatistic – above which a gene would be classified as 'interesting'
一个百分的rankingStatistic  - 以上的基因将被归类为“有趣”


参数：colors
character string of length 2: a color for genes not exceeding the percentile and a color for genes exceeding the thresold
基因超过thresold的字符串的长度为2：颜色不超过百分和颜色的基因


参数：symbols
two plotting symbols (numeric or character): symbol for genes not exceeding percentile and symbol for genes exceeding percentile
两个绘图符号（数字或字符）：为不超过百分和符号的基因符号，基因超过百分


参数：size
numeric vector of length 2: size of plotting symbol for genes not exceeding percentile and size of plotting symbol for genes exceeding percentile  
数字矢量长度为2：大小不超过百分和绘图符号大小的基因绘制基因超过百分符号


参数：background
character vector of length 2: background color of plotting symbols for gene not exceeding percentile and for genes exceeding the percentile
特征向量的长度为2：背景颜色的基因不超过百分超过百分基因绘制符号


值----------Value----------


参数：order
the order of the rankingStatistic
的的rankingStatistic的顺序


参数：pch
plotting symbols (same length as rankingStatistic)
绘制符号（如rankingStatistic相同长度的）


参数：col
color of plotting symbols (same length as rankingStatistic)
绘制符号的颜色（如rankingStatistic长度相同）


参数：bg
background color of plotting symbols (same length as rankingStatistic)
背景颜色绘图符号（如rankingStatistic长度相同）


参数：cex
size of plotting symbols (same length as rankingStatistic)   
绘制符号大小（作为rankingStatistic相同长度）


作者（S）----------Author(s)----------


R. Scharpf



举例----------Examples----------



  data(expressionSetList)
  data(xmcmc)
  pathToLogFiles <- system.file("logFiles", package="XDE")
  load(file.path(pathToLogFiles, "BES.rda"))
  load(file.path(pathToLogFiles, "postAvg.rda"))
  op.conc <- symbolsInteresting(rankingStatistic=postAvg[, "concordant"])
  graphics:::pairs(BES[op.conc$order, ], pch=op.conc$pch, col=op.conc$col,
                   bg=op.conc$bg, upper.panel=NULL, cex=op.conc$cex)  


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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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