R语言 XDE包 empiricalStart()函数中文帮助文档(中英文对照)

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empiricalStart(XDE)
empiricalStart()所属R语言包：XDE

                                        Empirical starting values for the MCMC
                                         实证出发值的MCMC

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Empirical starting values for the MCMC are based on data in objects of class ExpressionSetList
实证出发的MCMC值是基于数据类对象ExpressionSetList


用法----------Usage----------


empiricalStart(object, zeroNu = FALSE, phenotypeLabel, one.delta=FALSE, T_THRESH=4)



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class ExpressionSetList
一个对象的类ExpressionSetList


参数：zeroNu
Logical: if TRUE, the nu in the Bayesian model are not modeled – set to zero and not updated in the MCMC.  Setting zeroNu to TRUE should be regarded as experimental
逻辑：如果为TRUE，在贝叶斯模型的怒江建模 - 设置为零，并在没有更新的MCMC。将zeroNu设置为TRUE，应被视为实验


参数：phenotypeLabel
character: binary phenotype.  phenotypeLabel must be in the varLabels of each ExpressionSet object
字符：二进制型。 phenotypeLabel必须在每个ExpressionSet对象的varLabels


参数：one.delta
delta in the Bayesian model is a gene-specific indicator for differential expression.  If one.delta is FALSE, we assume that a gene can be differentially expressed in a subset of studies.  When TRUE, we assume that a gene is differentially expressed in all studies or in none.
Delta是在贝叶斯模型的差异表达基因的具体指标。如果one.delta是FALSE，我们假设，一个基因可以在研究的一个子集差异表达。 TRUE时，我们假设，在所有研究或没有表达的基因差异。


参数：T_THRESH
A threshold of t-statistics (calculated row-wise for each study) for determining starting values of the differential expression indicator, delta.
t-统计（计算每个研究逐行）确定初始值的差异表达的指标，Delta的一个阈值。


值----------Value----------

A list containing starting values for the MCMC that are derived from empirical estimates of the data.  
一个列表，其中包含的MCMC方法，从数据的实证估计所得的初始值。


作者（S）----------Author(s)----------


R. Scharpf



参见----------See Also----------

zeroNu, XdeParameter-class,
zeroNu，XdeParameter-class


举例----------Examples----------


library(XDE)
data(expressionSetList)
eList <- studyCenter(expressionSetList)
empirical <- empiricalStart(eList, phenotypeLabel="adenoVsquamous", T_THRESH=3)
##By default, initial values for the MCMC are sampled from the prior[＃默认情况下，初始值的MCMC采样前]
##when initializing an object of class XdeParamater[＃当初始化类XdeParamater的对象]
params <- new("XdeParameter", esetList=eList,
              phenotypeLabel="adenoVsquamous", one.delta=FALSE, burnin=TRUE)
##The initial values can be replaced by empirical values as follows:[＃初始值可以取代经验值如下：]
firstMcmc(params) <- empirical

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