R语言 xcms包 retcor.obiwarp()函数中文帮助文档(中英文对照)

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retcor.obiwarp(xcms)
retcor.obiwarp()所属R语言包：xcms

                                        Align retention times across samples with Obiwarp
                                         对齐跨越保留与Obiwarp样品时间

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculate retention time deviations for each sample. It is based on the code at http://obi-warp.sourceforge.net/. However, this function is able to align multiple samples, by a center-star strategy.
计算每个样品的保留时间偏差。它是基于在http://obi-warp.sourceforge.net/代码。但是，这个功能是能够协调多个样品，由中心明星策略。

For the original publication see
对于原始出版物

Chromatographic Alignment of ESI-LC-MS Proteomics Data Sets by Ordered Bijective Interpolated Warping John T. Prince and, Edward M. Marcotte Analytical Chemistry 2006 78 (17), 6140-6152
有序双射的ESI-LC-MS的蛋白质组学数据集色谱对准插值翘曲约翰T.王子和爱德华·Marcotte分析化学2006 78（17），6140-6152


参数----------Arguments----------

参数：object
the xcmsSet object  
xcmsSet对象


参数：plottype
if deviation plot retention time deviation
如果deviation图的保留时间偏差


参数：profStep
step size (in m/z) to use for profile generation from the raw data files
步长（m / z为）从原始数据文件使用文件生成


参数：center
the index of the sample all others will be aligned to. If center==NULL, the sample with the most peaks is chosen as default.
所有其他指数的样本将对准。如果中心== NULL，默认情况下，被选为最峰的样品。


参数：col
vector of colors for plotting each sample
向量绘图每个样品的颜色


参数：ty
vector of line and point types for plotting each sample
线和点类型的矢量绘制每个样品


参数：response
Responsiveness of warping.  0 will give a linear warp based on start and end points.  100 will use all bijective anchors
响应翘曲。 0会给线性经根据起点和终点。 100将使用双射锚


参数：distFunc
DistFunc function: cor (Pearson's R) or cor_opt (default, calculate only 10% diagonal band of distance matrix, better runtime), cov (covariance), prd (product), euc (Euclidean distance)
DistFunc功能：心病（Pearson的R）或cor_opt（默认情况下，计算距离矩阵，更好的运行时只有10％的斜角带），COV（协），珠三角（产品），EUC（欧氏距离）


参数：gapInit
Penalty for Gap opening, see below
刑罚差距开幕，见下文


参数：gapExtend
Penalty for Gap enlargement, see below
差距扩大的罚款，见下文


参数：factorDiag
Local weighting applied to diagonal moves in alignment.
适用于局部加权对齐对角线移动。


参数：factorGap
Local weighting applied to gap moves in alignment.
当地加权应用对准差距举动。


参数：localAlignment
Local rather than global alignment
地方，而不是全球对齐


参数：initPenalty
Penalty for initiating alignment (for local alignment only) Default: 0
发起对齐的罚款（只为本地对齐）默认：0


值----------Value----------

An xcmsSet object
xcmsSet对象


方法----------Methods----------

retcor(object, method="obiwarp", plottype = c("none", "deviation"), profStep=1, center=NULL, col = NULL, ty = NULL, response=1, distFunc="cor_opt", gapInit=NULL, gapExtend=NULL, factorDiag=2, factorGap=1, localAlignment=0, initPenalty=0)
retcor（对象，方法=“obiwarp”，plottype = C（“无”，“偏差”），profStep = 1，中心= NULL，COL = NULL，TY = NULL，响应= 1，distFunc =“ cor_opt“，gapInit = NULL，gapExtend = NULL，factorDiag = 2，factorGap = 1，localAlignment = 0，initPenalty = 0）


参见----------See Also----------

xcmsSet-class,
xcmsSet-class

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。