R语言 xcms包 findMZ()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

findMZ(xcms)
findMZ()所属R语言包：xcms

                                        Find fragment ions in xcmsFragment objects
                                         查找在xcmsFragment对象的碎片离子

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a method to find a fragment mass with a ppm window in a xcmsFragment object
这是一个方法，找到一个PPM窗口在xcmsFragment对象的一个片段质量


用法----------Usage----------


findMZ(object, find, ppmE=25, print=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：object
xcmsFragment object type
xcmsFragment对象类型


参数：find
The fragment ion to be found
被发现的碎片离子


参数：ppmE
the ppm error window for searching
搜索ppm误差窗口


参数：print
If we should print a nice little report
如果我们要打印一个可爱的小报告


Details

详情----------Details----------

The method simply searches for a given fragment ion in an xcmsFragment object type given a certain ppm error window
简单的方法搜索一个给定的碎片离子，在给予一定的ppm误差窗口xcmsFragment对象类型


值----------Value----------

A data frame with the following columns:
与下面的列的数据框：


参数：PrecursorMz
The precursor m/z of the fragment
易制毒化学片段的m / z


参数：MSnParentPeakID
An index ID of the location of the precursor peak in the xcmsFragment object
易制毒化学峰的位置在xcmsFragment对象的索引ID


参数：msLevel
The level of the found fragment ion
对发现的碎片离子水平


参数：rt
the Retention time of the found ion
发现离子的保留时间


参数：mz
the actual m/z of the found fragment ion
实际发现的碎片离子的m / z


参数：intensity
The intensity of the fragment ion
碎片离子强度


参数：sample
Which sample the fragment ion came from
碎片离子来自哪个样本


参数：GroupPeakMSn
an ID if the peaks were grouped by an xcmsSet grouping
峰由xcmsSet分组分组的ID


参数：CollisionEnergy
The collision energy of the precursor scan
碰撞能量对易制毒化学扫描


作者（S）----------Author(s)----------


H. Paul Benton, <a href="mailto:hpaul.beonton08@imperial.ac.uk">hpaul.beonton08@imperial.ac.uk</a>



参考文献----------References----------

Analytical Chemistry 2008

参见----------See Also----------

findneutral,
findneutral


举例----------Examples----------


        ## Not run: [＃无法运行：]
        library(msdata)
        mzdatapath <- system.file("iontrap", package = "msdata")
        mzdatafiles<-list.files(mzdatapath, pattern = "extracted.mzData", recursive = TRUE, full.names = TRUE)
        xs <- xcmsSet(mzdatafiles, method = "MS1")
        ##takes only one file from the file set[＃只需要一个文件的文件集]
        xfrag <- xcmsFragments(xs)
        found<-findMZ(xfrag, 657.3433, 50)
       
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
       

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