R语言 vsn包 logLik-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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logLik-methods(vsn)
logLik-methods()所属R语言包：vsn

                                        Calculate the log likelihood and its gradient for
                                         计算对数似然及其梯度

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

logLik calculates the log likelihood and its gradient for the vsn model. plotVsnLogLik makes a false color plot for
logLik计算log的可能性及其VSN模型的梯度。 plotVsnLogLik为假彩色图


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'vsnInput'
logLik(object, p, mu = numeric(0), sigsq=as.numeric(NA), calib="affine")

plotVsnLogLik(object,
              p,
              whichp = 1:2,
              expand = 1,
              ngrid = 31L,
              fun = logLik,
              main = "log likelihood",
              ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
A vsnInput object.
一个vsnInput对象。


参数：p
For plotVsnLogLik, a vector or a 3D array with the point in parameter space around which to plot the likelihood. For logLik, a matrix whose columns are the set of parameters at which the likelihoods are to be evaluated.
plotVsnLogLik，向量或一个三维数组参数空间中的点周围绘制的可能性。 logLik，矩阵的列参数的似然性进行评估。


参数：mu
Numeric vector of length 0 or nrow(object). If the length is 0, there is no reference and sigsq must be NA (the default value). See vsn2.
数字矢量长度为0或nrow(object)。如果长度为0时，有没有参考sigsq必须NA（默认值）。看到vsn2。


参数：sigsq
Numeric scalar.
数字标。


参数：calib
as in vsn2.
如vsn2。


参数：whichp
Numeric vector of length 2, with the indices of those two parameters in p along which the section is to be taken.
向量长度为2的数字，这两个参数的指数，p沿着这部分是要采取。


参数：expand
Numeric vector of length 1 or 2 with expansion factors for the plot range. The range is auto-calculated using a heuristic, but manual adjustment can be useful; see example.
图范围扩大因素的数值向量的长度为1或2。范围是自动计算采用启发式，但手动调整可能是有用的;见例子。


参数：ngrid
Integer scalar, the grid size.
整数标量，网格的大小。


参数：fun
Function to use for log-likelihood calculation. This parameter is exposed only for testing purposes.
正常使用对数似然计算。此参数仅用于测试目的暴露。


参数：main
This parameter is passed on levelplot.
这个参数传递levelplot的。


参数：...
Arguments that get passed on to fun, use this for mu, sigsq, calib.
获得通过fun的参数，使用的mu，sigsq，calib。


Details

详情----------Details----------

logLik is an R interface to the likelihood computations in vsn (which are done in C).
logLikVSN的可能性计算（这是在C）是R接口。


值----------Value----------

For logLik, a numeric matrix of size nrow(p)+1 by ncol(p). Its columns correspond to the columns of p. Its first row are the likelihood values, its rows 2...nrow(p)+1 contain the gradients. If mu and sigsq are specified, the ordinary negative log likelihood is calculated using these parameters as given. If they are not specified, the profile negative log likelihood is calculated.
为logLik，大小的数字矩阵nrow(p)+1由ncol(p)。它的列对应列p。它的第一行的可能性值，其行2...nrow(p)+1包含的梯度。如果mu和sigsq指定，一般负面记录的可能性是使用这些参数给定计算。如果它们没有被指定，配置文件的负对数似然计算。

For plotVsnLogLik, a dataframe with the 2D grid coordinates and log likelihood values.
plotVsnLogLik，一个二维的网格坐标和对数似然值dataframe。


作者（S）----------Author(s)----------


Wolfgang Huber



参见----------See Also----------

vsn2
vsn2


举例----------Examples----------



data("kidney")

v = new("vsnInput", x=exprs(kidney),
  pstart=array(as.numeric(NA), dim=c(1, ncol(kidney), 2)))

fit = vsn2(kidney)
print(coef(fit))

p = sapply(seq(-1, 1, length=31), function(f) coef(fit)+c(0,0,f,0))

ll = logLik(v, p)

plot(p[3, ], ll[1, ], type="l", xlab=expression(b[1]), ylab=expression(-log(L)))
abline(v=coef(fit)[3], col="red")

plotVsnLogLik(v, coef(fit), whichp=c(1,3), expand=0.2)

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