R语言 VariantAnnotation包 globalToLocal()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

globalToLocal(VariantAnnotation)
globalToLocal()所属R语言包：VariantAnnotation

                                        globalToLocal
                                         globalToLocal

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Converts reference-based (aka chromosome-based or genomic) locations into transcript-based locations
转换参考基（又名基于染色体或基因组）到成绩单，基于位置的位置


用法----------Usage----------


globalToLocal(global, ranges)



参数----------Arguments----------

参数：global
A GRanges object
一个GRanges对象


参数：ranges
A GRangesList object
一个GRangesList对象


Details

详情----------Details----------

This function translates coordinates from a reference location specified in global to the transcript location as defined in ranges.
此功能转换坐标从谈话的位置定义在globalranges指定的参考位置。


值----------Value----------

A DataFrame with three columns of 'global.ind', ranges.ind' and 'local'. 'global.ind' and 'ranges.ind' are the indices of the global and ranges input arguments, respectively. The 'local' column contains the range coordinates of the elements in global translated with respect to the ranges in 'ranges.ind'.
与“global.ind ranges.ind”和“本地”三列DataFrame。 “global.ind和ranges.indglobal和ranges输入参数，分别为指数。在“本地”一栏包含在元素范围内的坐标global翻译方面ranges.ind范围。


作者（S）----------Author(s)----------


Michael Lawrence



参见----------See Also----------

getTranscriptSeqs transcriptLocs2refLocs extractTranscriptsFromGenome
getTranscriptSeqstranscriptLocs2refLocs extractTranscriptsFromGenome


举例----------Examples----------


## under construction[＃在建]

#library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)[库（BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19）]
#library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)[库（TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene）]
#[]
### snps from dbsnp132[＃SNPS从dbsnp132]
#snvs &lt;- GRanges(seqnames=c("chr6", "chr10", "chr16"), [snvs < - 格朗（seqnames =（“chr6”，“chr10”，“chr16”），]
#ranges = IRanges(start=c(88375601, 115912481, 69875501), width=c(1,2,2)))[范围= IRanges（开始= C（88375601，115912481，69875501），宽度= C（1,2,2）））]
#[]
#txdb &lt;- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene [txdb < -  TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene]
#genes &lt;- transcriptsBy(txdb, "gene")[基因< -  transcriptsBy人（txdb，“基因”）]
#rgs &lt;- reduce(genes[subjectHits(fo), ])[RGS < - 减少（基因[subjectHits（FO）]）]
#fo &lt;- findOverlaps(snps, rgs)[FO < -  findOverlaps（单核苷酸多态性，RGS）]
#txseqs &lt;- extractTranscriptsFromGenome(Hsapiens, rgs)[txseqs < -  extractTranscriptsFromGenome（Hsapiens，RGS）]
#[]
#txLocal &lt;- globalToLocal(snvs, rgs[subjectHits(fo), ])[txLocal < -  globalToLocal（RGS [subjectHits（FO），snvs]）]
#[]
### retrieve reference sequences [＃检索参考序列]
### reference coordinates[＃参考坐标]
#rlocs &lt;- transcriptLocs2refLocs(tlocs, start(exbytx), end(exbytx),[< -  transcriptLocs2refLocs rlocs（tlocs启动（exbytx），结束（exbytx）]
#             tx_strand, reorder.exons.on.minus.strand=TRUE)[tx_strand，reorder.exons.on.minus.strand = TRUE）]
#[]
# subject &lt;- subject[unique(subjectHits(fo))][主题< - 主题[独特（subjectHits（FO））]]
#        txSeqs &lt;- getTranscriptSeqs(subject, seqSource)[txSeqs < -  getTranscriptSeqs（，seqSource主题）]
#        xCoding &lt;- query[txLocal$globalInd][xCoding < - 查询[txLocal的美元globalInd]]
#[]
# back to reference coordinates[回参考坐标]


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