R语言 VanillaICE包 sd-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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sd-methods(VanillaICE)
sd-methods()所属R语言包：VanillaICE

                                        Methods for estimating copy number standard deviations.
                                         拷贝数的标准偏差估计方法。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate the standard deviation for CopyNumberSet
估计标准偏差CopyNumberSet


用法----------Usage----------



sd(x, na.rm=FALSE)




参数----------Arguments----------

参数：x
A CopyNumberSet or oligoSnpSet
一个CopyNumberSet或oligoSnpSet


参数：na.rm
Logical.  
逻辑。


Details

详情----------Details----------

The sd method for CopyNumberSet and oligoSnpSet objects retrieves the copy number confidence scores from the cnConfidence assay data element.  The confidence matrix is a R x C matrix for an object with R features and C samples.  Valid confidence estimates must be positive and not missing (not NA). If any elements in the confidence matrix are invalid, a robust estimate of the standard deviation is computed (described below).  If all elements are valid, the standard deviation matrix is returned as 1 / confidence.
SD方法CopyNumberSet和oligoSnpSet对象的检索cnConfidence实验数据元素的拷贝数信心分数。信心矩阵是一个R X C矩阵为与R的功能和C样品的对象。有效的信心，估计必须是积极的，不会丢失（不NA）。如果任何信心矩阵的元素是无效的，一个标准偏差的稳健估计计算（如下所述）。如果所有的元素都是有效的，标准差矩阵，则返回1 /信心。

If any elements in the confidence matrix are invalid, the standard deviation for each marker and sample is calculated as follows.  If autosomal markers are present, the standard deviation is estimated as the median absolute deviation across autosomal markers for each sample.  This gives a vector of length C.  The R x C standard deviation matrix is populated by row from the vector of length C (the standard deviation for each marker in a sample is given the same standard deviation).  If autosomal markers are not present, the median absolute deviation across X-chromosome markers and Y-chromosome markers are estimated independently, providing to vectors of length C. The matrix of standard deviations for the X chromosome is populated by the C-length vector for the X-chromosome (by-row) and likewise for the Y chromosome.
如果任何信心矩阵的元素是无效的，为每个标记和样品的标准偏差的计算公式如下。如果常染色体显性遗传标记目前，标准偏差估计每个样本中位数的跨越常染色体显性遗传标记的绝对偏差。这给出了一个长度的向量C的R X C标准偏差矩阵填充行从向量的长度C（标准偏差为每个样品中的标记给出了相同的标准偏差）。如果常染色体显性遗传标记不存在，整个X染色体和Y染色体的标记标记中位数绝对偏差估计独立，向量的长度C.提供的C-长度的向量填充矩阵X染色体的标准偏差X染色体（行）和同样的Y染色体。


值----------Value----------

A matrix.
矩阵。


参见----------See Also----------

mad
mad


举例----------Examples----------


  data(oligoSetExample)
  sds <- sd(oligoSet)

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