R语言 TSSi包 TssData-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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TssData-class(TSSi)
TssData-class()所属R语言包：TSSi

                                         Class TssData
                                         类TssData

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Class TssData storing raw sequence read data.
类TssData存储原始序列读取数据。


插槽----------Slots----------




reads: List with the read data for each segment.
reads：每个段的只读数据的名单。




segments: Data frame with the information of the
segments：数据框的信息




parameters: List with parameters used for the analysis.
parameters：用于分析的参数列表。




annotation: Annotation data object, as passed through the
annotation：注释数据对象，通过


方法----------Methods----------

segmentizeCounts methods:
segmentizeCounts方法：

signature(nReads="integer", start="integer")
signature(nReads="integer", start="integer")

Import raw data and divide into segments.  
导入段的原始数据和鸿沟。

plot method:
图法：

signature(x="TssData", y="ANY")
signature(x="TssData", y="ANY")

Visualize the data.  
可视化的数据。

get methods:
get方法：

signature(x="TssData")
signature(x="TssData")

Get the read start sites. The second argument selects the individual segment; if missing returns a list containing the information of all segments.
获取读的起始位点。第二个参数选择个别段;如果缺少返回一个列表，其中包含所有段的信息。

signature(x="TssData")
signature(x="TssData")

Get the read end sites, see start.
获取只读年底站点，见：start。

signature(x="TssData")
signature(x="TssData")

Get the raw read counts, see start.
获取原料读计数，见：start。

signature(x="TssData")
signature(x="TssData")

Get all the read data of the segments, including e.g. "start", "counts", "replicate", , see start.
获取所有分部的只读数据包括，例如， “开始”，“计数”，“复制”，看到start。

signature(x="TssData")
signature(x="TssData")

Get the information associated with the segments, e.g. chromosome, strand, region. The second and third argument select the segment and the variable of interest.
获取与段相关的信息，例如：染色体，钢绞线，区域。第二个和第三个参数选择段和感兴趣的变量。

signature(x="TssData")
signature(x="TssData")

Get the parameters used in the analysis.   
获取在分析中使用的参数。

signature(x="TssData")
signature(x="TssData")

Get the annotation data, as passed through the annotation argument.
获取的注释数据，通过annotation参数传递。

signature(x="TssData")
signature(x="TssData")

Subset the object, by name or index.  
子集对象的名称或索引。

show methods:
显示方式：

signature(object="TssData")
signature(object="TssData")

asRangedData methods:
asRangedData方法：

signature(x="TssData")
signature(x="TssData")

Convert the reads, as obtained by the reads method, to an object of class RangedData.
转换的内容，对象类reads由RangedData方法获得，。

signature(x="TssData")
signature(x="TssData")

Convert the segments, as obtained by the segments method, to an object of class RangedData.  
段，由segments方法获得，转换类RangedData的对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Maintainer: Julian Gehring <julian.gehring@fdm.uni-freiburg.de>




参见----------See Also----------

Classes: TssData, TssNorm, TssResult
类别：TssData，TssNorm，TssResult

Methods: segmentizeCounts, normalizeCounts, identifyStartSites, get-methods, plot-methods, asRangedData-methods
方法：segmentizeCounts，normalizeCounts，identifyStartSites，get-methods，plot-methods，asRangedData-methods

Functions: subtract-functions
功能：subtract-functions

Data set: physcoCounts
数据集：physcoCounts

Package: TSSi-package
包装：TSSi-package


举例----------Examples----------


showClass("TssData")

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注：
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