segmentizeCounts-methods(TSSi)
segmentizeCounts-methods()所属R语言包：TSSi
Segmentize methods
Segmentize方法
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Import sequence read count data and transform it into segments.
导入序列读取计数数据，并转换成段。
用法----------Usage----------
segmentizeCounts(counts, start, end=start, chr=rep(1L, length(start)),
region=rep(1L, length(start)), strand=rep("*", length(start)),
replicate=rep(1L, length(start)), annotation=NULL, ...)
参数----------Arguments----------
参数：counts
Integer vector with the number of reads for each position in start.
数量的整数向量读取每个start的位置。
参数：start
Integer vector with the start positions of the reads.
读取的起始位置的整数向量。
参数：end
Optional integer vector with the end positions of the reads. If not supplied the values of start will be used.
可选的整数向量与读取的结束位置。如果没有提供start值将被使用。
参数：chr
Optional vector with the chromosomal locations of the reads. If not supplied all reads will are assumed to be located on one chromosome.
可选向量与读取染色体位置。如果没有提供所有读取数据将被假定为位于一条染色体上。
参数：region
Optional vector with an assignment of each read to a separate region, for example based on additional annotation. If not supplied all reads will be part of one region.
每个转让可选向量读取到一个单独的区域，例如基于额外的注释。如果没有提供所有的读取将是一个区域的一部分。
参数：strand
Optional vector with the strand location of each read.
可选向量与每个读链的位置。
参数：replicate
Optional integer vector identifying the replicate each read was obtained from, in the case of data from multiple measurements.
可选的整数向量确定复制每个读得到，在从多个测量数据的情况下。
参数：annotation
Optional object containing meta data passed along it the analysis. This argument does not influence the analysis.
沿着它通过可选的对象，其中包含元数据分析。这种说法并不影响分析。
参数：...
Optional arguments.
可选参数。
Details
详情----------Details----------
The segmentizeCounts method takes the raw data and breaks it into segments which will be analyzed separately in the subsequent steps. Segments are defined in a way such that any has a unique combination of the input arguments chr, region, and strand. In case any of these is not supplied it is assumed that all reads belong to one chromosome, region, or strand, respectively. Usage of the region argument is beneficial if the location of potential TSS can be constrained below the level of chromosomes and strands.
segmentizeCounts方法将原始数据分成段，将分别在随后的步骤进行分析。段定义的方式，这样任何一个输入参数的独特组合chr，region，strand。的情况下，这些不附带任何它假定所有读取数据，分别属于一个染色体区域，或链。 region参数的用法是有利如果潜在TSS的位置，可以染色体和股级以下的限制。
值----------Value----------
An object of class TssData.
对象类TssData。
方法----------Methods----------
Import read data and transform it into segments:
导入读取数据，并转换成段：
signature(nReads="integer", start="integer")
signature(nReads="integer", start="integer")
segmentizeCounts(counts, start, ...)
segmentizeCounts(counts, start, ...)
作者（S）----------Author(s)----------
Maintainer: Julian Gehring <julian.gehring@fdm.uni-freiburg.de>
参见----------See Also----------
Classes: TssData, TssNorm, TssResult
类别：TssData，TssNorm，TssResult
Methods: segmentizeCounts, normalizeCounts, identifyStartSites, get-methods, plot-methods, asRangedData-methods
方法：segmentizeCounts，normalizeCounts，identifyStartSites，get-methods，plot-methods，asRangedData-methods
Functions: subtract-functions
功能：subtract-functions
Data set: physcoCounts
数据集：physcoCounts
Package: TSSi-package
包装：TSSi-package
举例----------Examples----------
## load data set[＃加载数据集]
example(physcoCounts)
## import and segmentize data[＃导入和segmentize资料]
attach(physcoCounts)
x <- segmentizeCounts(counts=counts, start=start, chr=chromosome,
region=region, strand=strand)
detach(physcoCounts)
x
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发表于 2012-2-26 15:48:37
