R语言 tspair包 tspsig()函数中文帮助文档(中英文对照)

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tspsig(tspair)
tspsig()所属R语言包：tspair

                                        Significance calculation for top scoring pairs
                                         得分最高的对意义计算

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculates the significance of a top-scoring pair. It can be run after tspcalc() to calculate how strong a TSP is.
此函数计算一对得分最高的意义。它可以运行后tspcalc（）计算TSP的是多么强大。


用法----------Usage----------


  tspsig(dat,grp,B=50,seed=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：dat
Can take two values: (a) an m genes by n arrays matrix of expression data or (b) an eSet object
可以取两个值：（一）由n阵列的M基因表达数据矩阵或（b）ESET对象


参数：grp
Can take one of two values: (a) A group indicator incharacter or numeric form, (b) an integer indicating the column of pData(dat) to use as the group indicator
可以采取两个值之一：（一）A组指标incharacter或数字形式，（二）使用一个整数，指示的PDATA（DAT）列该组指标


参数：B
The number of permutations to perform in calculation of the p-value, default is 50.
排列执行中的P-值计算的数目，默认为50。


参数：seed
If this is a numeric argument, the seed will be set for reproducible p-values.
如果这是一个数值参数，种子将被设置为重复的p值。


Details

详情----------Details----------

tspsig() only works for two group classification. The computation time grows rapidly in the number of  genes, so for large gene expression matrices one should be prepared to wait or do a pre-filtering step. A progress bar is shown which gives some indication of the time until the calculation is complete. The top scoring pairs methodology was originally described in Geman et al. (2004).
tspsig（）只适用于两个组分类。计算时间的基因数量在迅速增长，如此大的基因表达矩阵应准备等待或做预过滤步骤。一个进度条显示了一些迹象显示的时间计算，直到完成。对得分最高的方法最初是在杰曼等。 （2004年）。


值----------Value----------


参数：p
A p-value for testing the null hypothesis that there is no TSP for the data set dat.
p值测试数据集DAT，没有TSP的零假设。


参数：nullscores
The null TSP scores from the permutation test.
从空TSP的分数排列测试。


作者（S）----------Author(s)----------


Jeffrey T. Leek <a href="mailto:jtleek@jhu.edu">jtleek@jhu.edu</a>



参考文献----------References----------

Statist. Appl. in Genetics and Molecular Biology, 3, 2004.

参见----------See Also----------

tspplot, ts.pair, tspcalc,predict.tsp, summary.tsp
tspplot，ts.pair，tspcalc，predict.tsp，summary.tsp


举例----------Examples----------


  ## Not run: [＃无法运行：]
  ## Load data[＃将数据]
  data(tspdata)

  ## Run tspcalc() on a data matrix and grp vector[＃运行数据矩阵和向量GRP tspcalc（）]
  tsp1 <- tspcalc(dat,grp)

  ## Run tspsig() to get a p-value[＃运行tspsig的（）来得到p值]
  p <- tspsig(dat,grp)
  p

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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