R语言 trigger包 trigger.loclink-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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trigger.loclink-methods(trigger)
trigger.loclink-methods()所属R语言包：trigger

                                        Estimate local-linkage probability for each gene
                                         估计每一个基因的本地联动的概率

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A method of class trigger to identify the best local-linkage marker for each gene and compute the local linkage probabilities.
trigger类的方法，以确定每个基因的当地最好的连锁标记和计算的本地联动的概率。


用法----------Usage----------


        ## S4 method for signature 'trigger'
trigger.loclink(triggerobj, gender = NULL, window.size = 30000)



参数----------Arguments----------

参数：triggerobj
An object of class trigger.
对象类trigger。


参数：gender
Optional. When computing linkage statistics involving markers on sex chromosome, gender of each sample should be specified.
可选的。当计算涉及性染色体，gender每个样品应指定标记的连锁统计。


参数：window.size
Optional. The size of a window that places the putative regulator gene in the center. Every marker within the window is a candidate marker for local-linkage to the regulator gene.
可选的。放置在中心的一个窗口，假定调节基因的大小。每一个窗口内的标志，是一个地方联动的调节基因的候选标记。


值----------Value----------

An updated object of class trigger containing a slot loc.obj with fields:
类的一个更新的对象trigger包含插槽loc.obj字段：


参数：prob.loc
The estimated local-linkage probability for each putative regulator gene.
估计本地联动的概率为每一个推定的调节基因。


参数：loc.idx
The indices of the best local marker for each putative regulator gene.
当地最好的每一个推定的调节基因标记指数。

Use slot(triggerobj, "loc.obj") to retrieve the list.
使用slot(triggerobj, "loc.obj")检索列表。


作者（S）----------Author(s)----------



Lin S. Chen <a href="mailto:lschen.stat@gmail.com">lschen.stat@gmail.com</a>, Dipen P. Sangurdekar <a href="mailto:dps@genomics.princeton.edu">dps@genomics.princeton.edu</a> and John D. Storey <a href="mailto:jstorey@princeton.edu">jstorey@princeton.edu</a>




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

trigger.trait
trigger.trait


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
  data(yeast)
  attach(yeast)
  triggerobj <- trigger.build(marker = marker, exp = exp,
            marker.pos = marker.pos, exp.pos = exp.pos)
  triggerobj <- trigger.loclink(triggerobj, window.size = 30000)
  trigger.obj <- trigger.net(triggerobj, Bsec = 100)
  detach(yeast)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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