R语言 trigger包 trigger.export2cross-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

trigger.export2cross-methods(trigger)
trigger.export2cross-methods()所属R语言包：trigger

                                        Export Trigger data to R/qtl's cross class object
                                         触发数据导出的R / QTL的跨类对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

trigger.export2cross exports trigger data from triggerobj to a cross format for Trait-Trigger analysis. See trigger.trait for details.
trigger.export2cross出口triggertriggerobjcross特质触发分析格式的数据。看到trigger.trait详情。


用法----------Usage----------


  ## S4 method for signature 'trigger'
trigger.export2cross(triggerobj, plotarg = TRUE, verbose = TRUE, warning = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：triggerobj
An object of class trigger.
对象类trigger。


参数：plotarg
Logical. If TRUE, the function plots the default plot from the R/qtl package while reading in the genotype data.
逻辑。如果TRUE，功能图R/qtl包的默认的图，而在基因型数据读取。


参数：verbose
Logical. If TRUE, the function lists the default output from the R/qtl package while reading in the genotype data.
逻辑。如果TRUE，功能列出了默认的输出从R/qtl包，而在基因型数据读取。


参数：warning
Logical. If FALSE, the function suppresses warnings output from the R/qtl package while reading in the genotype data.
逻辑。如果FALSE，功能抑制警告输出R/qtl包中的基因型数据读取时。


Details

详情----------Details----------

The trigger.export2cross command writes a csv format file “geno_trait_data.csv” to the working directory and reads it using the read.cross command.
trigger.export2cross命令csv格式的文件到工作目录“geno_trait_data.csv”写道，使用read.cross命令来读取它。


值----------Value----------

An object of class cross from the R/qtl package.
从R/qtl包类交叉的对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Lin S. Chen <a href="mailto:lschen.stat@gmail.com">lschen.stat@gmail.com</a>, Dipen P. Sangurdekar <a href="mailto:dps@genomics.princeton.edu">dps@genomics.princeton.edu</a> and John D. Storey <a href="mailto:jstorey@princeton.edu">jstorey@princeton.edu</a>




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

trigger.trait
trigger.trait


举例----------Examples----------


  data(yeast)
  attach(yeast)
  triggerobj <- trigger.build(marker = marker, exp = exp,
                                        marker.pos = marker.pos, exp.pos = exp.pos)
  crossfile <- trigger.export2cross(triggerobj, plotarg = TRUE, verbose = TRUE, warning = FALSE)
  tt.pval <- trigger.trait(triggerobj, trait  =  "DSE1", cross  =  crossfile)
  causal.reg <- names(which(p.adjust(tt.pval, method = "fdr")<.05))
  detach(yeast)


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。