R语言 trigger包 trigger.build()函数中文帮助文档(中英文对照)

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trigger.build(trigger)
trigger.build()所属R语言包：trigger

                                        Format the input data and create an Trigger object
                                         格式化输入数据，并创建一个触发器对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function takes high-dimensional expression data and genotype data with each of their position data in the genome and creates a trigger object for subsequent analysis.
此功能需要与每个基因组中的位置数据的高维表达数据和基因型数据，并创建一个trigger后续分析的对象。


用法----------Usage----------


  trigger.build(exp = exp,exp.pos = exp.pos, marker = marker, marker.pos = marker.pos)



参数----------Arguments----------

参数：exp
A gene (or intermediate trait) by individual matrix of expression data.
一个基因表达数据的单个矩阵（或中间性状）。


参数：exp.pos
A matrix containing the position information for genes (intermediate traits). The first column is the chromosome name of the gene. The second column is the starting coordinate of the gene, and the third column is the ending coordinate. Each row corresponds to one gene/trait in the exp matrix.
矩阵包含的基因的位置信息（中间性状）。第一列是染色体的基因名称。第二列是该基因的起始坐标，第三列是结束的坐标。 exp矩阵，每一行对应一个基因/性状。


参数：marker
A marker genotype by individual matrix.
个别矩阵的一个标记基因型。


参数：marker.pos
A matrix containing the position information for markers. The first column is the chromosome name of the marker. We recommend to use integers for autosomal chromosomes and "X" for sex chromosome. The second column is the position of the marker on the chromosome. Each row corresponds to one marker in the marker matrix.
矩阵包含标记的位置信息。第一列是染色体的标记名称。我们建议使用对常染色体和性染色体的“X”为整数。第二列是标记在染色体上的位置。每一行对应一个标志marker矩阵。


Details

详情----------Details----------

The positions in marker.pos and exp.pos matrix should be in the same units (e.g., base pair, kb, or cM).
职位marker.pos和exp.pos矩阵应该是在同一个单位（例如，碱基对，KB，或厘米）。


值----------Value----------

An object of S4 class trigger containing the marker genotype matrix (a matrix of 1,2 for haploid genotypes, or 1,2,3 for diploid genotypes), expression matrix, marker position matrix and gene/trait position matrix with ordered coordinates in respective slots. Use slot(objectname, varname) to retrieve individual variables from the object. Use print to see the first 10 rows and columns of the expression and marker matrix.
S4类trigger包含标记基因型矩阵（矩阵的单倍体基因型，或二倍体基因型1,2,3 1,2），表达矩阵，标记位置矩阵和基因/性状的位置矩阵的对象下令各自的插槽中的坐标。使用slot(objectname, varname)检索对象从单个变量。使用print看到第10行和列的表达和标记矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------



Lin S. Chen <a href="mailto:lschen.stat@gmail.com">lschen.stat@gmail.com</a>, Dipen P. Sangurdekar <a href="mailto:dps@genomics.princeton.edu">dps@genomics.princeton.edu</a> and John D. Storey <a href="mailto:jstorey@princeton.edu">jstorey@princeton.edu</a>




参见----------See Also----------

trigger.link, trigger.mlink, trigger.eigenR2, trigger.net and  trigger.trait
trigger.link，trigger.mlink，trigger.eigenR2，trigger.net和trigger.trait


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
  data(yeast)
  attach(yeast)
  triggerobj <- trigger.build(marker = marker, exp = exp,
                    marker.pos = marker.pos, exp.pos = exp.pos)
  print(triggerobj)
  
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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