R语言 topGO包 getPvalues()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getPvalues(topGO)
getPvalues()所属R语言包：topGO

                                        Convenient function to compute p-values from a gene expression matrix.
                                         方便的功能基因表达矩阵计算p值。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Warping function of "mt.teststat", for computing p-values of a gene expression matrix.
翘曲功能“mt.teststat”的，计算p值的基因表达矩阵。


用法----------Usage----------


   getPvalues(edata, classlabel, test = "t", alternative = c("greater", "two.sided", "less")[1],
   genesID = NULL, correction = c("none", "Bonferroni", "Holm", "Hochberg", "SidakSS", "SidakSD",
   "BH", "BY")[8])



参数----------Arguments----------

参数：edata
Gene expression matrix.
基因表达矩阵。


参数：classlabel
The phenotype of the data
表型数据


参数：test
Which test statistic to use
使用测试统计


参数：alternative
The alternative of the test statistic
检验统计量的替代


参数：genesID
if a subset of genes is provided
如果基因的一个子集提供


参数：correction
Multiple testing correction procedure
多个测试校正程序


值----------Value----------

An named numeric vector of p-values.
一个名为“数字向量的p-值。


作者（S）----------Author(s)----------


Adrian Alexa



参见----------See Also----------

GOKSTest,  groupStats-class, getSigGroups-methods
GOKSTest，groupStats-class，getSigGroups-methods


举例----------Examples----------



library(ALL)
data(ALL)

## discriminate B-cell from T-cell[＃歧视从B单元，T单元]
classLabel <- as.integer(sapply(ALL$BT, function(x) return(substr(x, 1, 1) == 'T')))

## Differentially expressed genes[＃差异表达的基因]
geneList <- getPvalues(exprs(ALL), classlabel = classLabel,
                       alternative = "greater", correction = "BY")

hist(geneList, 50)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。