找回密码
 注册
查看: 1132|回复: 0

R语言 tilingArray包 segChrom()函数中文帮助文档(中英文对照)

[复制链接]
发表于 2012-2-26 15:36:26 | 显示全部楼层 |阅读模式
segChrom(tilingArray)
segChrom()所属R语言包:tilingArray

                                        Fit a piecewise constant curve to along chromosome data (wrapper function)
                                         适合分段常数曲线沿染色体的数据(包装函数)

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Wrapper around the segment function for each strand of one or more chromosomes specified by the user. It does some typical preprocessing and I/O.
包装周围segment为每个用户指定的一个或多个染色体链的功能。它做了一些典型的预处理和I / O。


用法----------Usage----------


segChrom(y, probeAnno, chr=1:17, strands=c("+", "-"),
  nrBasesPerSegment = 1500, maxk = 3000, step = 7, confint = FALSE,
  confintLevel = 0.95, useLocks=TRUE, verbose=TRUE, savedir)



参数----------Arguments----------

参数:y
ExpressionSet or matrix containing the data to be segmented.
ExpressionSet或矩阵包含的数据被分割。


参数:probeAnno
an object of class probeAnno (defined in the Ringo package) or an environment with probe annotations. For the latter, see the package davidTiling for an example (?probeAnno).
类对象probeAnno或用探针注释的环境(在林檎包中定义)。对于后者,看到包的一个例子(?probeAnno)davidTiling。


参数:chr
integer scalar or vector specifying which chromosome(s) to segment.
指定整数的标量或矢量细分的染色体(S)。


参数:strands
character scalar or vector specifying which strands to segment; can also be NA.
字符标量或矢量指定链进行细分,也可以是NA。


参数:nrBasesPerSegment
integer (length 1): the parameter maxseg of the segment function is calculated as the length of the chromosome divided by nrBasesPerSegment. Thus, it determines the average segment length in the finest segmentation.
(长度为1的整数):参数maxsegsegment函数的计算染色体的长度除以nrBasesPerSegment。因此,它决定了在最好的分割段长度平均。


参数:maxk
passed on to  the function segment.
传递功能segment。


参数:step
integer scalar, indicating the minimum distance between consecutive probes. In cases when probes are offset by less than step bases, the probes are sampled to achieve the desired spacing.
整数标量,表明连续探针之间的最小距离。在探针偏移小于step碱基的情况下,探针采样,以达到所需的间距。


参数:confint
logical scalar.  If TRUE, confidence intervals for each change-point are calculated.
逻辑标量。如果TRUE,每一个变化点的置信区间计算。


参数:confintLevel
numeric scalar between 0 and 1 indicating the probability level for the confidence intervals that are calculated for each change-point.
说明概率水平计算的信心,为每一个变化点的时间间隔为0和1之间的数字标。


参数:useLocks
logical scalar. Should a file locking mechanism be used that allows for a simple-minded parallelization of this function.
逻辑标量。应该用于文件锁定机制,允许这个函数的头脑简单的并行。


参数:verbose
logical scalar. Should we be chatty about our progress?
逻辑标量。我们应该对我们的进步健谈?


参数:savedir
character scalar. If specified, resulting segmentation objects are saved (with save) to this directory.
字符标。如果指定,导致segmentation对象将被保存到这个目录(save)。


Details

详情----------Details----------

This function is a wrapper for the segment function. It is provided in this package for illustration. For applications to different datasets, you will likely need to adapt it to some extent, please refer to its source code.
此功能是为segment功能的包装。它提供用于说明在此包。对于不同的数据集的应用程序,你可能会需要适应它在一定程度上,请参阅它的源代码。


值----------Value----------

An environment containing S4 objects of class "segmentation" called "1.+", "1.-", etc. (depending on the values in chr and strands), where "+" and "-" indicate the strand and the preceding number refers to the chromosome. If savedir is specified, there is also the side-effect that
一个环境含有S4对象类"segmentation"称为“1 +”,“1  - ”,等等(取决于chr和strands值)其中“+”和“ - ”表示钢绞线和前面的数字是指染色体。如果savedir指定,也有副作用


作者(S)----------Author(s)----------


Wolfgang Huber <whuber@embl.de>



举例----------Examples----------


## Not run: [#无法运行:]
  library("davidTiling")
  data("davidTiling")
  data("probeAnno")
  isDNA = seq(1:3)
  yn = normalizeByReference(davidTiling[,-isDNA],davidTiling[,isDNA], probeAnno=probeAnno)
  seg = segChrom(yn, probeAnno) ## this will take a while to run![#这将需要一段时间才能运行!]

## End(Not run)[#结束(不运行)]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 注册

本版积分规则

手机版|小黑屋|生物统计家园 网站价格

GMT+8, 2025-1-23 04:07 , Processed in 0.021099 second(s), 15 queries .

Powered by Discuz! X3.5

© 2001-2024 Discuz! Team.

快速回复 返回顶部 返回列表