R语言 tilingArray包 plotFeatures()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotFeatures(tilingArray)
plotFeatures()所属R语言包：tilingArray

                                        Plot genomic features for a region along a chromosome
                                         一个区域的图沿着染色体的基因组功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot genomic features for a region along a chromosome
一个区域的图沿着染色体的基因组功能


用法----------Usage----------


plotFeatures(gff, chr, xlim, strand, vpr, featureColorScheme=1,
             featureExclude=c("chromosome", "nucleotide_match", "insertion"),            
             featureNoLabel=c("uORF", "CDS"), ...)



参数----------Arguments----------

参数：gff
data frame with genome annotation from the GFF file.
从GFF文件与基因组注释的数据框。


参数：chr
integer of length 1 specifying the chromosome to plot the features for.
染色体长度为1的整数，指定绘制功能。


参数：xlim
integer of length 2 with start and end coordinates (in bases) for plotting.
起点和终点的图（碱基）2长度的整数。


参数：strand
character scalar which should be set to either + or - to  indicate which strand of DNA to plot the features from.
应设置的字符标要么+或-表明DNA链的绘制功能，从。


参数：vpr
which viewport to plot the features in.
视口绘制功能英寸


参数：featureColorScheme
numeric scalar, used to select a color scheme for the  boxes representing genomic features such as coding sequences, ncRNAs etc.  Currently the only value supported is 1.
数字标量，用于选择配色方案为代表盒基因的功能，如编码序列，非编码RNA等，目前支持的唯一的价值是1。


参数：featureExclude
character vector of names of feature types (in gff) that should not be plotted. Default is "chromosome", "nucleotide_match" and  "insertion".  Additional possible candidates include: "ARS", "repeat\_region", "repeat\_family" and "nc\_primary\_transcript".
特征向量的特征类型的名称（GFF）不应该被绘制的。默认是"chromosome""nucleotide_match"和"insertion"。其他可能的候选人包括："ARS"，"repeat\_region"，"repeat\_family"和"nc\_primary\_transcript"。


参数：featureNoLabel
character vector, names of feature types (in gff) that should not be labelled with their names (if they are plotted).
特征向量，特征类型的名称（GFF），不应与他们的名字标记（如果他们绘制）。


参数：...
additional arguments.
额外的参数。


Details

详情----------Details----------

This function is called by plotAlongChrom when the gff argument has been specified.  It should not be called directly by the user.
此功能plotAlongChrom称为时gff参数已指定。它不应该由用户直接调用。


作者（S）----------Author(s)----------


Wolfgang Huber <huber@ebi.ac.uk>

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