R语言 TEQC包 readsPerTarget()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readsPerTarget(TEQC)
readsPerTarget()所属R语言包：TEQC

                                        Numbers of reads per target
                                         数字读取每个目标

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Counts the numbers of reads overlapping each target region
计数读取的数字，每一个目标区域重叠


用法----------Usage----------


readsPerTarget(reads, targets, Offset = 0)



参数----------Arguments----------

参数：reads
RangedData table containing positions of sequenced reads, i.e. output from get.reads
RangedDataget.reads表，其中包含的测序读，即输出的位置


参数：targets
RangedData table containing positions of target regions, i.e. output from get.targets
RangedData表，其中包含目标区域的位置，即从get.targets输出


参数：Offset
integer; add Offset bases on both sides to targeted regions and potentially collapse resulting overlapping target regions
整数;加上Offset双方针对区域的碱基和潜在的崩溃导致重叠的目标区域


值----------Value----------

The input RangedData table targets with an additional 'values'
输入RangedData表targets一个额外的“值”


注意----------Note----------

As reads input also the mappingReads output of function fraction.reads.target can be used to speed up calculation. In this case, make sure that targets and Offset parameters were the
reads输入也mappingReads功能fraction.reads.target输出可用于加快计算。在这种情况下，确保targets和Offset参数是


作者（S）----------Author(s)----------


Manuela Hummel <a href="mailto:manuela.hummel@crg.es">manuela.hummel@crg.es</a>



参见----------See Also----------

coverage.target, fraction.reads.target, covered.k, coverage.hist,
coverage.target，fraction.reads.target，covered.k，coverage.hist


举例----------Examples----------


## get reads and targets[＃得到读取和目标]
exptPath <- system.file("extdata", package="TEQC")
readsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Reads.bed")
reads <- get.reads(readsfile, idcol=4, skip=0)
targetsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Targets.bed")
targets <- get.targets(targetsfile, skip=0)

## number of reads per target[＃号的读取每个目标]
readsPerTarget(reads, targets)

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。