R语言 TEQC包 get.targets()函数中文帮助文档(中英文对照)

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get.targets(TEQC)
get.targets()所属R语言包：TEQC

                                        Read capture target positions
                                         读捕捉目标位置

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads a bedfile containing positions of the capture targets and creates a RangedData object.
读取一个捕捉目标bedfile包含位置，并创建一个RangedData对象。


用法----------Usage----------


get.targets(targetsfile, chrcol = 1, startcol = 2, endcol = 3, zerobased = TRUE, sep = "\t", skip = 1, header = FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：targetsfile
name of bedfile giving the positions of each target region
bedfile名称给每个目标区域的位置


参数：chrcol
in which column in the targets bedfile there is the chromosome information (chromosome information in the file should be in string format, e.g. "chrX")
在这列中的目标bedfile有染色体信息（染色体文件中的信息应该是字符串格式，如“chrX”）


参数：startcol
in which column there are the starting positions of the targeted regions
其中列有目标区域的起始位置


参数：endcol
in which column there are the end positions of the targeted regions
其中列有目标区域的结束位置


参数：zerobased
if TRUE, start coordinates in targetsfile are assumed to be 0-based and are then converted to 1-based system by adding 1. If FALSE, coordinates are not shifted. In this case they should already be 1-based in targetsfile.
如果TRUE，开始在坐标targetsfile假设是基于0，然后加入1 1系统转换。如果FALSE，坐标不转向。在这种情况下，他们应该已经在targetsfile1为基础。


参数：sep
column separator character, defaults to tabs
列分隔符，默认为制表符


参数：skip
number of lines of the bedfile to skip before beginning to read data; defaults to 1
的bedfile开始读取数据前跳过的行数，默认为1


参数：header
a logical value indicating whether the file contains the names of the variables as its first line; defaults to FALSE
默认为FALSE逻辑值指示是否该文件包含的变量的名称作为其第一线;


参数：...
further arguments passed to read.delim
通过进一步的论据read.delim


值----------Value----------

A RangedData table holding the target region positions. Note that overlapping or
一个RangedData表持有目标区域的位置。注意重叠或


注意----------Note----------

Since overlapping regions are collapsed, the input bedfile can also contain positions
由于重叠的区域倒塌，输入bedfile还可以包含位置


作者（S）----------Author(s)----------


Manuela Hummel <a href="mailto:manuela.hummel@crg.es">manuela.hummel@crg.es</a>



参见----------See Also----------

get.reads
get.reads


举例----------Examples----------


exptPath <- system.file("extdata", package="TEQC")
targetsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Targets.bed")
targets <- get.targets(targetsfile, skip=0)

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