R语言 TEQC包 coverage.density()函数中文帮助文档(中英文对照)

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coverage.density(TEQC)
coverage.density()所属R语言包：TEQC

                                        Coverage density plot
                                         覆盖密度图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Visualization of target coverage density for one or more samples.
目标覆盖密度的可视化的一个或多个样品。


用法----------Usage----------


coverage.density(coveragelist, normalized = TRUE, legend, main, xlab, col, lwd, lty, xlim, ylim, ...)



参数----------Arguments----------

参数：coveragelist
Output of function coverage.target, where option perBase had to be set to TRUE, i.e. a list with elements coverageTarget and avgTargetCoverage. Or, when density of several samples shall be visualized, a list with respective outputs of coverage.target.
输出的功能coverage.target，其中选项“perBase设置TRUE，即一个元素的列表coverageTarget和avgTargetCoverage。或几个样品的密度时，应可视化，具有各自的输出coverage.target。


参数：normalized
if TRUE, densities of normalized coverages will be shown; original coverages otherwise
如果TRUE，规范化覆盖密度，否则将会显示原来的覆盖范围


参数：legend
legend text. If missing, names of coveragelist will be taken. If NULL, no legend will be drawn.
图例文本。如果缺少的名字coveragelist将采取。如果NULL，没有传说中将会得出。


参数：main
main title
主标题


参数：xlab
x-axis label
X轴标签


参数：col
line color(s)
线的颜色（S）


参数：lwd
line width(s)
线宽（S）


参数：lty
line style(s)
线条样式（S）


参数：xlim, ylim
x- and y-axis coordinate ranges
x和y轴坐标范围


参数：...
further graphical parameters passed to plot
进一步的图形参数传递plot


Details

详情----------Details----------

If normalized = TRUE, the function calculates normalized coverages: per-base coverages divided by average coverage over all targeted bases. Normalized coverages are not dependent on the absolute quantity of reads and are hence better comparable between different samples
如果normalized = TRUE，函数计算归覆盖除以平均覆盖率超过所有针对碱基每个碱基覆盖。规范化的覆盖范围是不依赖于读取的绝对数量和不同样品之间因此更好的可比性


值----------Value----------

Line plot(s) showing densities.
线图显示（S）密度。


作者（S）----------Author(s)----------


Manuela Hummel <a href="mailto:manuela.hummel@crg.es">manuela.hummel@crg.es</a>



参见----------See Also----------

coverage.target, covered.k, coverage.hist,
coverage.target，covered.k，coverage.hist


举例----------Examples----------


## get reads and targets[＃得到读取和目标]
exptPath <- system.file("extdata", package="TEQC")
readsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Reads.bed")
reads <- get.reads(readsfile, idcol=4, skip=0)
targetsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Targets.bed")
targets <- get.targets(targetsfile, skip=0)

## calculate per-base coverages[＃计算每个碱基覆盖]
Coverage <- coverage.target(reads, targets, perBase=TRUE)

## coverage density[＃覆盖密度]
coverage.density(Coverage)

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