R语言 TEQC包 chrom.barplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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chrom.barplot(TEQC)
chrom.barplot()所属R语言包：TEQC

                                        Reads per chromosome barplot
                                         读取每个染色体barplot

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Barplot of numbers (or fractions) of reads (and targets) falling on each chromosome
每条染色体上读取号码（或分数）（和目标）barplot下降


用法----------Usage----------


chrom.barplot(reads, targets, col = c("darkgreen", "orange"), ylab, legendpos = "topright", ...)



参数----------Arguments----------

参数：reads
RangedData table containing read positions, i.e. output from get.reads. To ensure a useful ordering of the bars, the chromosome information ('spaces' of reads) should be given as "chr" plus a number/letter [plus further specification], e.g. "chr1", "chrX", "chr17_ctg5_hap1", "chrUn_gl000211".
RangedData表含有只读立场，即从get.reads输出。条形，以确保有用的顺序，染色体信息（reads）的“空间”，应为“CHR”加上一个数字/字母[加进一步的规范，如“chr1”，“chrX”，“chr17_ctg5_hap1”，“chrUn_gl000211”。


参数：targets
Optional RangedData table containing positions of target regions, i.e. output from get.targets. The chromosome information should match the one of reads. If targets is missing, only numbers of reads will be displayed.
可选的RangedData表，其中包含目标区域的位置，即从get.targets输出。染色体的信息应符合reads之一。如果targets失踪，只读取号码将显示。


参数：col
color(s) of the bars
条形的颜色（S）


参数：ylab
y-axis label
Y轴标签


参数：legendpos
Position of the legend. String from the list "bottomright", "bottom", "bottomleft", "left", "topleft", "top", "topright", "right" and "center". Ignored if targets is missing.
传说中的地位。从字符串列表“bottomright”，“自下而上”，“bottomleft”，“左”，“左上”，“顶”，“topright”，“右”和“中心”。 targets缺少的，如果忽略。


参数：...
graphical parameters passed to barplot
图形参数传递barplot


Details

详情----------Details----------

If targets is not specified, absolute read counts per chromosome are shown in the barplot. If targets is provided, fractions of reads and targets are shown. For reads, this is the fraction within the total number of reads (since reads are expected to have all the same length). In contrast, for the targets, the fraction of targeted bases on each chromosome is calculated. Since targets might vary in length it is reasonable to account for the actual target sizes instead
如果targets没有被指定，绝对读染色体计数显示的barplot在。如果targets提供，读取和目标分数。对于读取，这是在读取总数的比例（自读，预计将有所有相同的长度）。相比之下，为目标，针对每个染色体碱基的分数计算。由于目标的长度可能会有所不同，它是合理的考虑，实际的目标，而不是大小


值----------Value----------

Barplot of reads and optionally targets per chromosome.
barplot的读取和可选的目标，每染色体。


作者（S）----------Author(s)----------


Manuela Hummel <a href="mailto:manuela.hummel@crg.es">manuela.hummel@crg.es</a>



参见----------See Also----------

get.reads
get.reads


举例----------Examples----------


## get reads and targets[＃得到读取和目标]
exptPath <- system.file("extdata", package="TEQC")
readsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Reads.bed")
reads <- get.reads(readsfile, idcol=4, skip=0)
targetsfile <- file.path(exptPath, "ExampleSet_Targets.bed")
targets <- get.targets(targetsfile, skip=0)

chrom.barplot(reads, targets)

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