R语言 TargetSearch包 Profile()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

Profile(TargetSearch)
Profile()所属R语言包：TargetSearch

                                         Average the correlating masses for each metabolite
                                         平均每个代谢产物的相关群众

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function makes a profile from the masses that correlate for each metabolite.
此功能使得从群众中每个代谢产物的相关个人资料。


用法----------Usage----------


Profile(samples, Lib, peakData, r_thres = 0.95, method = "dayNorm", minPairObs = 5)



参数----------Arguments----------

参数：samples
A tsSample object created by ImportSamples function.  
一个tsSampleImportSamples函数创建的对象。


参数：Lib
A tsLib object created by ImportLibrary function with corrected RI values. See medianRILib.  
一个tsLibImportLibrary纠正RI值的函数创建的对象。看到medianRILib。


参数：peakData
A tsMSdata object. See peakFind.
一个tsMSdata对象。看到peakFind。


参数：r_thres
A correlation threshold.  
一个相关的阈值。


参数：method
Normalisation method. Options are "dayNorm", a day based median normalisation, "medianNorm", normalisation using the median of all the intensities of a given mass, and "none", no normalisation at all.  
标准化的方法。选项是"dayNorm"，一天的中位数标准化，"medianNorm"，标准化的使用给定质量的所有强度的中位数，和"none"，都没有标准化。


参数：minPairObs
Minimum number of pair observations. Correlations between two variables are computed using all complete pairs of observations in those variables. If the number of observations is too small, you may get high correlations values just by chance, so this parameters is used to avoid that. Cannot be set lower than 5.
对观测的最低数量。使用这些变量的完整的观测对两个变量之间的相关性计算。如果观测的数量太小了，你可以得到高的相关性只是偶然的值，所以此参数用来避免。不能低于5。


值----------Value----------

A tsProfile object. The slots are:
一个tsProfile对象。插槽：


参数：Info
A data frame with a profile of all masses that correlate.
一个数据框的所有群众，相关资料。


参数：Intensity
A list containing peak-intensity matrices, one matrix per metabolite.
一份列表，列出峰强度矩阵，矩阵每代谢产物之一。


参数：RI
A list containing RI matrices, one matrix per metabolite.
一个列表，其中包含国际扶轮矩阵，每一个代谢产物矩阵。


参数：profInt
A matrix with the averaged intensities of the correlating masses.
一个矩阵与相关群众的平均强度。


参数：profRI
A matrix with the averaged RI of the correlating masses.
与相关群众的平均国际扶轮的矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------


Alvaro Cuadros-Inostroza, Matthew Hannah, Henning Redestig



参见----------See Also----------

ImportSamples, ImportLibrary, medianRILib,
ImportSamples，ImportLibrary，medianRILib


举例----------Examples----------


require(TargetSearchData)
data(TargetSearchData)

# get RI file path[获得国际扶轮文件路径]
RI.path <- file.path(.find.package("TargetSearchData"), "gc-ms-data")
# update RI file path[更新注册机文件路径]
RIpath(sampleDescription) <- RI.path
# Import Library[导入库]
refLibrary        <- ImportLibrary(file.path(RI.path,'library.txt'))
# update median RI[更新中位数的RI]
refLibrary        <- medianRILib(sampleDescription, refLibrary)
# get the sample RI[得到样品RI]
corRI             <- sampleRI(sampleDescription, refLibrary, r_thres = 0.95)
# obtain the peak Intensities of all the masses in the library[获得库中的所有群众的峰值强度]
peakData          <- peakFind(sampleDescription, refLibrary, corRI)
# make a profile of the metabolite data[使代谢物的数据资料]
metabProfile      <- Profile(sampleDescription, refLibrary, peakData, r_thres = 0.95)

# same as above, but with different thresholds.[和上面一样，但不同的阈值。]
metabProfile      <- Profile(sampleDescription, refLibrary, peakData,
                     r_thres = 0.9, minPairObs = 5)


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