R语言 TargetSearch包 plotPeak()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotPeak(TargetSearch)
plotPeak()所属R语言包：TargetSearch

                                         Plot peaks
                                         积峰

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot selected ions in a given time range.
图选择在一个特定的时间范围内的离子。


用法----------Usage----------


plotPeak(rawpeaks, time.range, masses, cdfFile = NULL,        useRI = FALSE,
         rimTime = NULL, standard = NULL, massRange = c(85, 500), ...)



参数----------Arguments----------

参数：rawpeaks
A two component list containing the retention time and the intensity matrices. See peakCDFextraction.  
一两个组件的列表，其中包含的保留时间和强度矩阵。看到peakCDFextraction。


参数：time.range
The time range to plot in retention time or retention time index units to plot.  
保留时间或保留时间指标单位绘图绘制的时间范围。


参数：masses
A vector containing the ions or masses to plot.  
一个矢量绘图含有离子或群众。


参数：cdfFile
The name of a CDF file. If a file name is specified, the ions will be extracted from there instead of using rawpeaks.  
一个CDF文件的名称。如果指定一个文件名，将离子从那里提取，而不是使用rawpeaks。


参数：useRI
Logical. Whether to use Retention Time Indices or not.
逻辑。是否使用保留时间指数或不是。


参数：rimTime
A retention time matrix of the found retention time markers. It is only used when useRI is TRUE.
一个发现的保留时间标记的保留时间矩阵。它只是用来当useRI是TRUE。


参数：standard
A numeric vector with RI values of retention time markers. It is only used when useRI is TRUE.
与RI值的保留时间标记的数字向量。它只是用来当useRI是TRUE。


参数：massRange
A two component numeric vector with the scan mass range to extract.  
两元件数值向量与扫描质量范围内提取。


参数：...
Further options passed to matplot.  
进一步的选项，通过matplot。


作者（S）----------Author(s)----------


Alvaro Cuadros-Inostroza, Matthew Hannah, Henning Redestig



参见----------See Also----------

RIcorrect, tsMSdata, tsRim,
RIcorrect，tsMSdata，tsRim


举例----------Examples----------


require(TargetSearchData)
data(TargetSearchData)

# update CDF path[更新民防路径]
CDFpath(sampleDescription) <- file.path(.find.package("TargetSearchData"), "gc-ms-data")

# Plot the peak "Valine" for sample number 1[画出样本数1高峰“缬氨酸”]
grep("Valine", libName(refLibrary)) # answer: 3[答案：3]
# select the first file[选择第一个文件]
cdfFile  <- CDFfiles(sampleDescription)[1]

# select "Valine" top masses[选择“缬氨酸”顶级群众]
top.masses <- topMass(refLibrary)[[3]]

# plot peak from the cdf file[CDF文件的积峰]
plotPeak(cdfFile = cdfFile, time.range = libRI(refLibrary)[3] + c(-2000,2000),
    masses = top.masses, useRI = TRUE, rimTime = RImatrix[,1],
    standard = rimStandard(rimLimits), massRange = c(85, 500))

# the same, but extracting the peaks into a list first. This may be better if[相同的，但提取到一个列表的第一峰。这可能是更好，如果]
# you intend to loop through several peaks.[你打算通过几个峰回路。]
rawpeaks <- peakCDFextraction(cdfFile, massRange = c(85,500))
plotPeak(rawpeaks, time.range = libRI(refLibrary)[3] + c(-2000,2000),
    masses = top.masses, useRI = TRUE, rimTime = RImatrix[,1],
    standard = rimStandard(rimLimits), massRange = c(85, 500))


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