R语言 Starr包 getRatio()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getRatio(Starr)
getRatio()所属R语言包：Starr

                                         Building ratio over experiments
                                         建立了实验比

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculates the ratio over experiments.
此函数计算的比例超过实验。


用法----------Usage----------


getRatio(eSet, ip, control, description, fkt=median, featureData=F)



参数----------Arguments----------

参数： eSet
An ExpressionSet, containing the logged raw intensities
一个ExpressionSet，包含记录的原始强度


参数：ip
a boolean or integer vector, that indicate, which columns in the matrix are IP experiments
一个布尔值或整数向量，表明，矩阵中的列是IP实验


参数：control
a boolean or integer vector, that indicate, which columns in the matrix are CONTROL or REFERENCE experiments
表明，一个布尔值或整数向量，矩阵中的列是控制或参考实验


参数：description
description of the new data (e.g. IPvsCONTROL)
新的数据说明（例如IPvsCONTROL）


参数：fkt
mean or median to calculate the averaged intensity over replicates
均值或中位数来计算的平均强度超过复制


参数：featureData
if TRUE, featureData is added to the new ExpressionSet  
如果为TRUE，featureData被添加到新的ExpressionSet


作者（S）----------Author(s)----------


Benedikt Zacher <a href="mailto:zacher@lmb.uni-muenchen.de">zacher@lmb.uni-muenchen.de</a>



举例----------Examples----------


##[＃]
# dataPath &lt;- system.file("extdata", package="Starr")[< - 。系统数据通路（的“extdata”，包=“斯塔尔”）]
# bpmapChr1 &lt;- readBpmap(file.path(dataPath, "Scerevisiae_tlg_chr1.bpmap"))[bpmapChr1 < -  readBpmap（file.path（数据通路，“Scerevisiae_tlg_chr1.bpmap”））]

# cels &lt;- c(file.path(dataPath,"Rpb3_IP_chr1.cel"), file.path(dataPath,"wt_IP_chr1.cel"), [CELS < -  C（file.path（数据通路，“Rpb3_IP_chr1.cel”），file.path（数据通路，“wt_IP_chr1.cel”），]
#         file.path(dataPath,"Rpb3_IP2_chr1.cel"))[file.path（数据通路，“Rpb3_IP2_chr1.cel”））]
# names &lt;- c("rpb3_1", "wt_1","rpb3_2")[名< - （“rpb3_1”，“wt_1”，“rpb3_2”）]
# type &lt;- c("IP", "CONTROL", "IP")[类型< -  C（“知识产权”，“控制”，“知识产权”）]
# rpb3Chr1 &lt;- readCelFile(bpmapChr1, cels, names, type, featureData=TRUE, log.it=TRUE)[rpb3Chr1 < -  readCelFile（bpmapChr1，CELS，名称，类型，featureData = TRUE，log.it = TRUE）]

# ips &lt;- rpb3Chr1$type == "IP"[IPS <费用 -  rpb3Chr1类型==“知识产权”]
# controls &lt;- rpb3Chr1$type == "CONTROL"[控制<“ -  rpb3Chr1 $ ==”控制“]

# rpb3_rankpercentile &lt;- normalize.Probes(rpb3Chr1, method="rankpercentile")[rpb3_rankpercentile < -  normalize.Probes（rpb3Chr1，方法=“rankpercentile”）]
# description &lt;- c("Rpb3vsWT")[说明< - &#199;（“Rpb3vsWT”）]
# rpb3_rankpercentile_ratio &lt;- getRatio(rpb3_rankpercentile, ips, controls, description, fkt=median, featureData=FALSE)[rpb3_rankpercentile_ratio < -  getRatio（rpb3_rankpercentile，IPS，控制，描述，FKT =中位数，featureData = FALSE）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。