R语言 sscore包 computeOutlier ()函数中文帮助文档(中英文对照)

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computeOutlier (sscore)
computeOutlier ()所属R语言包：sscore

                                         Compute outlier probes  
                                         计算离群探针

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Computes outlier and/or mask probes for a set of Affymetrix GeneChips that will be excluded from S-Score calculations
计算离群和/或面罩探针一套Affymetrix的基因芯片，将被排除在外的S-分数计算


用法----------Usage----------


computeOutlier(afbatch, rm.mask = TRUE, rm.outliers = TRUE, rm.extra = TRUE, celfile.path = NULL, celfile.names = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：afbatch
An AffyBatch object  
AffyBatch对象


参数：rm.mask
should the spots marked as 'MASKS' be excluded from S-Score calculation?  
标记为面具点应被排除在外的S-分数计算？


参数：rm.outliers
should the spots marked as 'OUTLIERS' be excluded from S-Score calculation?  
应该标记为“离群”的景点，被排除的S-分数计算？


参数：rm.extra
if TRUE, overrides what is in rm.mask and rm.outliers  
如果TRUE，覆盖什么是rm.mask和rm.outliers


参数：celfile.path
character denoting the path for the *.CEL files corresponding to afbatch  
字符表示的路径为*。CEL文件相应的afbatch


参数：celfile.names
optional character vector containing the names of the *.CEL files  
可选字符向量* CEL文件的名称。


Details

详情----------Details----------

Computes the outlier and / or mask probes for an AffyBatch object.  These are returned in matrix form, with one probe per row and one chip per column.  The value of each location in the matrix will be TRUE if the corresponding probe is an outlier / masked value and FALSE if it is not.  The options may be set to exclude only outlier values, only mask values, or both.  The probes are be arranged in the same row order as the intensity values.  Note that this function assumes the *.CEL files are still available in the directory given by celfile.path (or the current directory if celfile.path is not specified). The *.CEL names are given by celfile.names.  If celfile.names is not specified, the sample names from the AffyBatch object will be used.
计算离群值和/或面罩探针AffyBatch对象。这些返回的矩阵形式，用一个探针，每行，每列和一个芯片。矩阵中的每个位置的值将是TRUE如果相应的探针是一个离群/蒙面的价值和FALSE如果不是。可设置的选项，排除只离群值，只有掩码值，或两者兼而有之。探针都被安排在同一行秩序的强度值。请注意，这个函数假定*。CEL文件仍处于由celfile.path（或当前目录，如果celfile.path未指定）给定的目录。由celfile.names*。CEL的名称。如果celfile.names没有被指定，从AffyBatch对象的样品名称将使用。


值----------Value----------

a matrix containing the list of outliers / masked values for the given AffyBatch object.
矩阵包含离群/蒙面值给定的AffyBatch对象名单。


注意----------Note----------

Based on C++ code by Li Zhang and Delphi code by Robnet Kerns
基于张黎和Delphi代码的C + +代码Robnet科恩斯


作者（S）----------Author(s)----------


Richard Kennedy <a href="mailto:rkennedy@vcu.edu">rkennedy@vcu.edu</a>



举例----------Examples----------


  if (length(dir(pattern=".cel$")) != 0) {
  abatch <- ReadAffy()
  outlier <- computeOutlier(abatch)
}

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