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R语言 SRAdb包 listSRAfile()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-2-26 15:04:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
listSRAfile(SRAdb)
listSRAfile()所属R语言包:SRAdb

                                        List sra/sra-lite data file names associated with input SRA accessions
                                         名单SRA / SRA-lite的数据输入储备金帐户加入相关的文件名称

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function will list all sra/sra-lite files associated with input SRA accessions
此功能将列出所有SRA / SRA-Lite文件输入储备金帐户加入


用法----------Usage----------


listSRAfile( in_acc, sra_con, sraType='litesra' )



参数----------Arguments----------

参数:in_acc
character vector of SRA accessions and should be of same SRA data type, either one of SRA  submission, SRA study, SRA  sample, SRA  experiment and SRA  run  
SRA各加入和特征向量应该是相同的储备金帐户数据类型,一方提交储备金帐户,特别储备金帐户的研究,特别储备金帐户样品,实验储备金帐户和特别储备金帐户运行


参数:sra_con
Connection to the SRAmetadb SQLite database  
连接的SRAmetadb SQLite数据库


参数:sraType
types of SRA data files, which should be 'sra' or 'litesra'.  
SRA各数据文件的类型,这应该是“SRA或litesra”。


Details

详情----------Details----------

The function will convert all input SRA accessions to SRA experiment and run accessions and then construct sra or sra-lite data file ftp addresses from converted experiment and run accessions. No ftp checking or downloading. Currently only NCBI SRA ftp addresses are created.
该功能将转换所有输入的储备金帐户加入储备金帐户的试验和运行加入,然后构造转换的试验和运行加入SRA或SRA-lite的数据文件FTP地址。检查没有FTP或下载。目前只有NCBI的储备金帐户的FTP地址被创建。


值----------Value----------

List NCBI ftp links to SRA data files along with input SRA accessions.
NCBI的FTP链接储备金帐户的数据文件输入储备金帐户加入。


作者(S)----------Author(s)----------



Jack Zhu <zhujack@mail.nih.gov>




参见----------See Also----------

getSRAfile
getSRAfile


举例----------Examples----------


if(file.exists('SRAmetadb.sqlite')) {

        library(SRAdb)
        sra_dbname <- 'SRAmetadb.sqlite'       
        sra_con <- dbConnect(dbDriver("SQLite"), sra_dbname)

        ## List fastq file ftp addresses associated with "SRA000045"[#名单fastq文件FTP地址与“SRA000045相关”]
        listSRAfile (in_acc=c("SRX000122"), sra_con=sra_con, sraType='sra')

} else {
          print("use getSRAdbFile() to get a copy of the SRAmetadb.sqlite file  and then rerun the example")
}


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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