R语言 SRAdb包 IGVsession()函数中文帮助文档(中英文对照)

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IGVsession(SRAdb)
IGVsession()所属R语言包：SRAdb

                                         Create an IGV session file
                                         创建一个IGV的会议文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function will create an IGV session file
此功能将创建一个IGV的会议文件


用法----------Usage----------


IGVsession(files, sessionFile, genome='hg18', VisibleAttribute='', destdir=getwd())



参数----------Arguments----------

参数：files
Character vector of one or more filenames or urls to load - required.  
字符向量的一个或多个文件名或URL加载 - 需要。


参数：sessionFile
String representing session file name - required  
String，表示会议文件名 - 需要


参数：genome
String representing a genome that IGV knows about.  
字符串代表一个基因组，IGV的了解。


参数：VisibleAttribute
Character vector of one or more IGV Visible Attributes to annotate data tracks to be loaded - optional.  
IGV的可见属性的一个或多个注释数据轨道负载 - 可选的特征向量。


参数：destdir
Path where to save the IGV session file.  
路径保存IGV的会议文件。


Details

详情----------Details----------

While the current state of an IGV session can be saved to a named session file that can be opened to restore the IGV session later on, a IGV session file can be manually or programmatically created to achieve more efficient data loading and better control of IGV. IGVsession function was developed to create such IGV session files.  For details please check IGV web site: http://www.broadinstitute.org/igv/ControlIGV
IGV的会议，虽然目前的状态可以保存到一个名为会话文件可以打开恢复IGV的会议后，IGV的会议文件，可以手动或以编程方式创建的，以实现更高效的数据加载和更好地控制IGV的。 IGVsession功能开发创造这样的IGV的会议文件。有关详细信息，请IGV的网站：http://www.broadinstitute.org/igv/ControlIGV


值----------Value----------

An IGV session file with full file path.
一个完整的文件路径IGV的会议文件。


作者（S）----------Author(s)----------



Jack Zhu <zhujack@mail.nih.gov>




参见----------See Also----------

IGVload, IGVgenome, IGVgoto
IGVload，IGVgenome，IGVgoto


举例----------Examples----------


        library(SRAdb)
        exampleBams = file.path(system.file('extdata',package='SRAdb'),
            dir(system.file('extdata',package='SRAdb'),pattern='bam$'))
        exampleSessionFile <- IGVsession(exampleBams, 'exampleBams.xml');
          ## Not run: [＃无法运行：]
          ## Start IGV within R. You only need one IGV instance with listen port 60151 open.[＃开始在河IGV的，你只需要一个监听端口60151开放IGV的实例。]
    startIGV()
       
        ## Create a socket connection to IGV[＃创建一个套接字连接到IGV的]
        sock <- IGVsocket()
        ## Wait until IGV fully launched and make sure the listen port for IGV is open (If not configured in IGV, follow these steops: IGV --&gt; Perferences --&gt; Advanced --&gt; Check the checkbox 'Enable port' 60151.)[＃等待，直到IGV的全面启动，并确保IGV的是开放的（如果不是在IGV的配置，遵循这些steops监听端口：IGV的 - > Perferences  - >高级 - >选中的复选框“启用端口”60151 。）]
          IGVload(sock, exampleSessionFile)
         
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。