getSRAfile(SRAdb)
getSRAfile()所属R语言包：SRAdb
Download sra or sra-lite data files associated with input SRA accessions from NCBI SRA ftp site
SRA下载或从NCBI储备金帐户的FTP站点输入储备金帐户加入相关的SRA-Lite的数据文件
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function will available download sra or sra-lite data files associated with input SRA accessions from NCBI SRA ftp site.
此功能将可下载SRA或SRA-Lite的数据从NCBI储备金帐户的FTP站点输入储备金帐户加入相关的文件。
用法----------Usage----------
getSRAfile(in_acc, sra_con, destdir, sraType='litesra', makeDirectory = FALSE, method)
参数----------Arguments----------
参数：in_acc
character vector of SRA accessions and should be of same SRA data type, either one of SRA submission, SRA study, SRA sample, SRA experiment and SRA run
SRA各加入和特征向量应该是相同的储备金帐户数据类型，一方提交储备金帐户，特别储备金帐户的研究，特别储备金帐户样品，实验储备金帐户和特别储备金帐户运行
参数：sra_con
Connection to the SRAmetadb SQLite database
连接的SRAmetadb SQLite数据库
参数：destdir
Directory where downloaded fastq files are saved
在的下载fastq文件保存目录
参数：sraType
types of SRA data files, which should be "sra" or "litesra".
SRA各数据文件的类型，这应该是“SRA”或“litesra”。
参数：makeDirectory
logical, TRUE or FALSE. If TRUE and baseDir does not exists, storedir will be created to save downloaded files, otherwise downloaded fastq files will be saved to current directory.
逻辑，TRUE或FALSE。如果是TRUE和BASEDIR不存在，storedir将创建保存下载的文件，否则下载fastq文件将被保存到当前目录。
参数：method
Character vector of length 1, passed to the identically named argument of download.file.
字符向量的长度为1，通过相同的download.file命名参数。
Details
详情----------Details----------
The function will convert all input SRA accessions to SRA experiment and run accessions and then all available sra or sra-lite data files will be downloaded. Currently files are only downloaded from the NCBI SRA ftp site.
该功能将转换所有输入的储备金帐户加入储备金帐户的试验和运行加入，然后所有可用的SRA或SRA-Lite的数据文件将被下载。目前文件只从NCBI的储备金帐户的FTP站点下载。
警告----------Warning ----------
The size of sra or sra-lite data files in SRA could be very large and downloading multiple ones could take long time and quite some storage space
在SRA SRA或SRA-Lite的数据文件的大小可能会非常大，下载多个可能需要很长一段时间和相当长的一段存储空间
作者（S）----------Author(s)----------
Jack Zhu <zhujack@mail.nih.gov>
参见----------See Also----------
getSRAfile, listSRAfile
getSRAfile，listSRAfile
举例----------Examples----------
if(file.exists('SRAmetadb.sqlite')) {
library(SRAdb)
sra_dbname <- 'SRAmetadb.sqlite'
sra_con <- dbConnect(dbDriver("SQLite"), sra_dbname)
## Download all available fastq files associated with "SRR000648" and "SRR000657" from NCBI SRA ftp site to current directory[＃下载所有可用的fastq“SRR000648”和“SRR000657”从NCBI储备金帐户的FTP站点的相关文件到当前目录]
getSRAfile (in_acc=c("SRR000648","SRR000657"), sra_con=sra_con, destdir=getwd(), sraType='litesra')
} else {
print("use getSRAdbFile() to get a copy of the SRAmetadb.sqlite file and then rerun the example")
}
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发表于 2012-2-26 15:02:48
