R语言 SRAdb包 entityGraph()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

entityGraph(SRAdb)
entityGraph()所属R语言包：SRAdb

                                         Create a new graphNEL object from an input entity matrix or data.frame
                                         创建矩阵或数据框输入实体一个新graphNEL对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function will create a  new graphNEL object from an input entity matrix or data.frame
此功能将创建矩阵或数据框输入实体一个新graphNEL对象


用法----------Usage----------


entityGraph(df)



参数----------Arguments----------

参数：df
A matrix or data.frame  
一个矩阵或数据框


Details

详情----------Details----------

A graphNEL object with edgemode='directed' is created from input data.frame and the plot function will draw a graph
与edgemode =导向graphNEL对象创建输入数据框plot函数绘制图形


值----------Value----------

A graphNEL object with edgemode='directed'
一个与edgemode graphNEL对象=“定向”


作者（S）----------Author(s)----------



Jack Zhu <zhujack@mail.nih.gov> and Sean Davis <sdavis2@mail.nih.gov>




参见----------See Also----------

getSRA, sraConvert, sraGraph
getSRA，sraConvert，sraGraph


举例----------Examples----------


if(file.exists('SRAmetadb.sqlite')) {

        library(SRAdb)
        sra_dbname <- 'SRAmetadb.sqlite'       
        sra_con <- dbConnect(dbDriver("SQLite"), sra_dbname)

        ## create a graphNEL object from SRA accessions, which are full text search results of terms 'colon cancer'[＃创建一个“搜索结果graphNEL的对象从特别储备金帐户的加入，这是完整的文字条款结肠癌]
          acc <- getSRA (search_terms ='colon cancer', out_types=c('sra'), sra_con=sra_con, acc_only=TRUE)
          d <- entityGraph(acc)
          ## Not run: [＃无法运行：]
          library(Rgraphviz)
          attrs <- getDefaultAttrs(list(node=list(fillcolor='lightblue', shape='ellipse')))
          plot(g, attrs= attrs)
         
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

} else {
          print("use getSRAdbFile() to get a copy of the SRAmetadb.sqlite file
and then rerun the example")
}


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