R语言 spotSegmentation包 summary.spotseg()函数中文帮助文档(中英文对照)

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summary.spotseg(spotSegmentation)
summary.spotseg()所属R语言包：spotSegmentation

                                        Microarray Spot Segmentation Summary
                                         芯片现货分割摘要

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Summary method for the spotseg function. Gives the estimates of foreground and background intensity
spotseg函数的简易方法。给出了估计的前景和背景强度


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：object
An object of class "spotseg", which is the output of the function spotseg.
一个对象的类"spotseg"，是输出功能spotseg。


参数：...
Unused, but required by generic "summary" method.
未使用的，但需要通过通用的"summary"方法。


值----------Value----------

A list with two components, "channel1" and "channel2" each of which has subcomponents "background" and "foreground", each of which in turn has subcomponents "mean" and "median", giving the mean and median estimates of background and foreground for each channel. There will be missing entries (value NA)  whenever no foreground is detected.
两部分组成名单，"channel1"和"channel2"每个子"background"和"foreground"，反过来每个子"mean"和<X >，使每个通道的背景和前景的平均数和中位数的估计。值将缺少的条目（"median"）时，发现没有前景。


参考文献----------References----------

Robust model-based segmentation of microarray images,\  Technical Report No.~473, Department of Statistics, University of Washington, January 2005.

参见----------See Also----------

spotseg
spotseg


举例----------Examples----------


data(spotSegTest)

# columns of spotSegTest:[对spotSegTest的列：]
#  1 intensities from the Cy3 (green) channel[1，从强度Cy3标记（绿色）通道]
#  2 intensities from the Cy5 (red) channel[2，从强度的Cy5的（红色）通道]

dataTransformation <- function(x) (256*256-1-x)^2*4.71542407E-05

chan1 <- matrix(dataTransformation(spotSegTest[,1]), 144, 199)
chan2 <- matrix(dataTransformation(spotSegTest[,2]), 144, 199)

hivGrid <- spotgrid( chan1, chan2, rows = 4, cols = 6, show = TRUE)

library(mclust)

hivSeg <- spotseg( chan1, chan2, hivGrid$rowcut, hivGrid$colcut)

hivSummary <- summary(hivSeg)

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