R语言 splicegear包 SpliceSites-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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SpliceSites-class(splicegear)
SpliceSites-class()所属R语言包：splicegear

                                        Class "SpliceSites"
                                         类“SpliceSites”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A class to store (putative) splice sites
A级存储（假定）的剪接位点


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("SpliceSites", ...).
创建对象可以通过检测的形式new("SpliceSites", ...)。


插槽----------Slots----------




seq: Object of class "character". The reference
seq类"character"的对象。参考




seq.length: Object of class "integer". The length for the reference sequence (used when the slot seq is set to
seq.length类"integer"的对象。为参考序列的长度（用时槽seq设置




spsiteIpos: Object of class "matrix". A two-columns matrix to store the begin and end positions of type I splice
spsiteIpos类"matrix"的对象。一个两列的矩阵存储的开始和结束位置的类型我拼接




spsiteIIpos: Object of class "integer". A
spsiteIIpos类"integer"的对象。一




spsiteIIIpos: Object of class "matrix". Idem
spsiteIIIpos类"matrix"的对象。同上




spsiteIpos.pData: Object of class AnnotatedDataFrame. Used
spsiteIpos.pData类AnnotatedDataFrame的对象。使用




spsiteIIpos.pData: Object of class
spsiteIIpos.pData：对象类




spsiteIIIpos.pData: Object of class
spsiteIIIpos.pData：对象类


方法----------Methods----------




show signature(object = "SpliceSites"): A printing method.
显示signature(object = "SpliceSites")：印刷方法。




plot signature(x = "SpliceSites", y = "missing"): A
图signature(x = "SpliceSites", y = "missing")：


作者（S）----------Author(s)----------


laurent@cbs.dtu.dk



参考文献----------References----------

to observe alternative splicing ?'", Gautier L. et al., 2003, manuscript in

参见----------See Also----------

isSpliceSiteOnProbe, isProbeOnSpliceSite, plot.SpliceSites, spliceset.
isSpliceSiteOnProbe，isProbeOnSpliceSite，plot.SpliceSites，spliceset。


举例----------Examples----------


data(spliceset)

print(spliceset)

par(mfrow=c(1,2))

plot(spliceset, main=attr(spliceset, "name"))

## filter out supporting matches with unique positions[＃筛选出支持具有独特的位置匹配]
filter.typeI <- function(x) {unique(x[duplicated(x), , drop=FALSE])}
spliceset.filter <- spliceset
sSites <- spliceset.filter@spliceSites
sSites@spsiteIpos <- filter.typeI(sSites@spsiteIpos)
spliceset.filter@spliceSites <- sSites
## plot the resulting new object[＃绘制生成的新对象。]
plot(spliceset.filter)


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