R语言 splicegear包 plot.SpliceSites()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plot.SpliceSites(splicegear)
plot.SpliceSites()所属R语言包：splicegear

                                         plot a SpliceSites object
                                         绘制SpliceSites对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

plot objects.
图对象。


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'Probes'
plot(x, col="black",
            xlab = "sequence", ylab = "probes",   
            add=FALSE, probepos.yscale=NULL, xlim=NULL,
            ...)
## S3 method for class 'SpliceSites'
plot(x, col.typeI = "orange",
            col.typeI.window = "yellow",
            col.typeII = "red",
            add=FALSE, ylim=NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
object of class Probes or SpliceSites.  
对象的类Probes或SpliceSites。


参数：col
color argument for the probes.  
探针的颜色参数。


参数：col.typeI
color argument for the type I splice sites  
I型剪接位点的颜色参数


参数：col.typeI.window
color argument for the type I "window"  
颜色参数为I型“窗口”


参数：col.typeII
color argument for the type II splice sites  
II型剪接位点的颜色参数


参数：add
add the plot to an existing plot. Make a new plot if "FALSE"
添加到现有的图图。创建一个新的图，如果“假”


参数：probepos.yscale
scaling argument  
缩放参数


参数：xlim, ylim
range of plotting window
绘图窗口的范围


参数：xlab, ylab
labels for the axis
轴的标签


参数：...
optional parameters to be passed to the function plot.  
可选参数被传递给函数plot。


Details

详情----------Details----------

If the parameter main is not specified, the function tries to extract the attribute "name" from x.
如果参数main没有被指定，函数试图从x名称属性提取。

The two functions can be combined to display both objects on the same plot.
这两个函数可以结合这两个对象上显示相同的图。


值----------Value----------

The range for the y-axis is returned whenever needed (see invisible).
返回y轴的范围，在需要时（见invisible）。


作者（S）----------Author(s)----------


Laurent



参考文献----------References----------

application to combine them with microarray data", Gautier L. Dao C. and

参见----------See Also----------

SpliceSites-class
SpliceSites-class


举例----------Examples----------


data(spsites)

plot(spsites, main=attr(spsites, "name"))

sp.pData <- spsites@spsiteIpos.pData

##col &lt;- as.integer(factor(sp.pData$tissue))[＃山坳< -  as.integer（因素（sp.pData组织））]

##plot(spsites, col.typeI=col, main=attr("name", spsites))[＃小区（spsites，col.typeI =山坳，主要的attr（“名称”，spsites））]


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