R语言 splicegear包 buildSpliceSites()函数中文帮助文档(中英文对照)

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buildSpliceSites(splicegear)
buildSpliceSites()所属R语言包：splicegear

                                         Functions to query PALSdb
                                         职能查询PALSdb的

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Functions to make a query on PALSdb, and build objects from the result of a query.
上PALSdb功能，使查询，从查询结果中建立对象。


用法----------Usage----------


queryPALSdb(query, disp = c("data", "browser"),
            field = c("keyword", "ug.id", "gb.id", "human.cytoband", "mouse.cytoband", "cluster_count"),
            species = c("human", "mouse"),
            e.value = "1e-1",
            ident.threshold = c("90% 50b", "95% 50b", "90% 45b"))

getPALSdbURL(query, disp = c("data", "browser"),
            field = c("keyword", "ug.id", "gb.id", "human.cytoband", "mouse.cytoband", "cluster_count"),
            species = c("human", "mouse"),
            e.value = "1e-1",
            ident.threshold = c("90% 50b", "95% 50b", "90% 45b"))

buildSpliceSites(xml, verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：query
query string
查询字符串


参数：xml
an object of class XML (as returned by xmlTreeParse)
XML类的对象（返回xmlTreeParse）


参数：disp
(idem genbank and pubmed)
（同上genbank和pubmed）


参数：field
The field on which the query will be based
将根据查询的字段


参数：species
the specie to work with
实物工作


参数：e.value
E-value
E值


参数：ident.threshold
threshold for matching sequences
阈值的匹配序列


参数：verbose
verbose output.
详细的输出。


Details

详情----------Details----------

queryPALSdb returns an an object of class XML when disp =     "data".
queryPALSdb返回一个XML类的对象时disp =     "data"。

The function buildSpliceSites constructs SpliceSites objects from the XML data. The variables in the slots spsiteIpos.pData and spsiteIIpos.pData are at least tissue (tissue information), histology and site (site numbering).
从XML数据的功能buildSpliceSites建SpliceSites对象。在插槽的变量spsiteIpos.pData和spsiteIIpos.pData至少tissue（组织信息），histology和site（站点编号）。


值----------Value----------

An object of class XML for queryPALSdb, an URL for getPALSdbURL or a list of objects of class SpliceSites.
一个类的对象XMLqueryPALSdb，getPALSdbURL或类list对象SpliceSites的网址。


作者（S）----------Author(s)----------


laurent@cbs.dtu.dk



参考文献----------References----------

splice variants with microarrays", Gautier L. et al., 2003, manuscript

参见----------See Also----------

queryPALSdb
queryPALSdb


举例----------Examples----------


library(XML)

filename <- system.file("extdata", "example.xml", package="splicegear")

xml <- xmlTreeParse(filename, asTree=TRUE)

spsites <- buildSpliceSites(xml)


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